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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ta6 | ||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis triosephosphate isomerase | ||||||
要素 | Triosephosphate isomeraseトリオースリン酸イソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / 糖新生 / glycolytic process / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å | ||||||
データ登録者 | Connor, S.E. / Capodagli, G.C. / Deaton, M.K. / Pegan, S.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Structural and functional characterization of Mycobacterium tuberculosis triosephosphate isomerase. 著者: Connor, S.E. / Capodagli, G.C. / Deaton, M.K. / Pegan, S.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ta6.cif.gz | 237.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ta6.ent.gz | 192.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ta6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3ta6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3ta6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28262.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT1482, MTCY493.16c, Rv1438, tpi, tpiA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P66940, UniProt: P9WG43*PLUS, トリオースリン酸イソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-FLC / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 16% PEG3350, 250 mM ammonium citrate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.968 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月20日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→75.07 Å / Num. obs: 100458 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.43 Å / % possible all: 88.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 38.65 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→42.772 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1606 / WRfactor Rwork: 0.1356 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.9337 / SU B: 1.405 / SU ML: 0.026 / SU R Cruickshank DPI: 0.0573 / SU Rfree: 0.0501 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 172.03 Å2 / Biso mean: 16.9643 Å2 / Biso min: 3.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→42.772 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.41→1.449 Å / Total num. of bins used: 20
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