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万見
- PDB-6nxr: Crystal structure of Arabidopsis thaliana cytosolic triosephospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nxr
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana cytosolic triosephosphate isomerase C13D mutant
要素Triosephosphate isomerase, cytosolic
キーワードISOMERASE / Triosephosphate isomerase Crystal structure mutant dimer redox regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall / plasmodesma / plant-type vacuole / apoplast / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / chloroplast stroma / response to zinc ion ...plant-type cell wall / plasmodesma / plant-type vacuole / apoplast / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / chloroplast stroma / response to zinc ion / chloroplast / gluconeogenesis / glycolytic process / copper ion binding / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Jimenez-Sandoval, P. / Diaz-Quezada, C. / Torres-Larios, A. / Brieba, L.G.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the modulation of plant cytosolic triosephosphate isomerase activity by mimicry of redox-based modifications.
著者: Castro-Torres, E. / Jimenez-Sandoval, P. / Romero-Romero, S. / Fuentes-Pascacio, A. / Lopez-Castillo, L.M. / Diaz-Quezada, C. / Fernandez-Velasco, D.A. / Torres-Larios, A. / Brieba, L.G.
履歴
登録2019年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6163
ポリマ－27,5011
非ポリマー1152
水6,161342
1
A: Triosephosphate isomerase, cytosolic
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2336
ポリマ－55,0032
非ポリマー2304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area3520 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.682, 163.850, 98.093
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-637-

HOH

21A-690-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase, cytosolic / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27501.264 Da / 分子数: 1 / 変異: C13D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CTIMC, At3g55440, T22E16.100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P48491, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1M TRIS hydrochloride 8.5 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月26日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→42.08 Å / Num. obs: 76329 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Num. unique obs: 3682 / CC1/2: 0.921 / Rpim(I) all: 0.2 / Rrim(I) all: 0.48 / % possible all: 97.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.239 / SU ML: 0.023 / SU R Cruickshank DPI: 0.0365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.036
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1538 3839 5 %RANDOM
Rwork0.1306 ---
obs0.1318 72474 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.22 Å2 / Biso mean: 14.438 Å2 / Biso min: 7.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å2-0 Å20 Å2
2---1.06 Å2-0 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1846 0 7 342 2195
Biso mean--20.46 30.88 -
残基数----248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.6232742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5911.5784341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.215273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98823.66790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.93315321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.318159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.89333875
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.2845229
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.56153944
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 285 -
Rwork0.184 5247 -
all-5532 -
obs--97.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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