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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rsc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CalG2, Calicheamicin Glycosyltransferase, TDP and calicheamicin T0 bound form | ||||||
要素 | CalG2 | ||||||
キーワード | transferase/antibiotic / TDP / enediyne (エンジイン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / transferase-antibiotic complex / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Micromonospora echinospora (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, A. / Helmich, K.E. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Complete set of glycosyltransferase structures in the calicheamicin biosynthetic pathway reveals the origin of regiospecificity. 著者: Chang, A. / Singh, S. / Helmich, K.E. / Goff, R.D. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rsc.cif.gz | 171.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rsc.ent.gz | 141.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rsc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/3rsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/3rsc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45638.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: calG2 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q8KNE0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein Solution (20 mg/ml CalG2 protein, 0.05M NaCl, 0.015M Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.5% MEPEG5K, 800mM Na K-tartrate, 100mM Tris pH 8.5) Cryoprotected with ...詳細: Protein Solution (20 mg/ml CalG2 protein, 0.05M NaCl, 0.015M Tris pH 8) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (0.5% MEPEG5K, 800mM Na K-tartrate, 100mM Tris pH 8.5) Cryoprotected with 20% Ethylene Glycol, 0.5% MEPEG5K, 800mM Na K-tartrate, 100mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 46619 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.112 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→37.465 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.817 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.04 Å2 / Biso mean: 32.0894 Å2 / Biso min: 15.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→37.465 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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