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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o2w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 1E9 PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe Fab in complex with a 39A11 transition state analog | ||||||
要素 | (Chimeric antibody Fab 1E9, ...) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IgG antibody Fab | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / クエン酸 / Chem-O2W 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Verdino, P. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the 1E9 PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe Fab in complex with a 39A11 transition state analog 著者: Verdino, P. / Aldag, C. / Jonsson, S. / Hilvert, D. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o2w.cif.gz | 191.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o2w.ent.gz | 155.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 24082.904 Da / 分子数: 1 / 変異: F89S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-1E9(PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2 |
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#2: 抗体 | 分子量: 24428.510 Da / 分子数: 1 / 変異: L47T,M100bF / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-1E9(PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2 |
-非ポリマー , 5種, 88分子
#3: 化合物 | ChemComp-O2W / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-TRS / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.25M ammoniumsulfate, 0.15M sodiumcitrate, 0.01% PEG20000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.059658 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.059658 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 28353 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: rigid body refinement 開始モデル: 1E9 PheL89Ser/LeuH47Trp/MetH100bPhe Fab apo structure 解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 20.48 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.982 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.552→2.618 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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