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- PDB-3mbm: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mbm
タイトルCrystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase from Burkholderia pseudomallei with cytosine and FoL fragment 717, imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-ylmethanol
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / IspF (ISPF) / cytosine (シトシン) / MEP pathway (非メバロン酸経路) / fragment-based drug design / FBDD / Fragments of Life / Isoprene biosynthesis / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-ylmethanol / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Database references / Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,57613
ポリマ－58,4613
非ポリマー1,11410
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.543, 67.569, 60.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-202-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ / MECPS / MECDP-synthase


分子量: 19487.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63T71, UniProt: Q3JRA0*PLUS, 2-C-メチル-D-エリトリトール 2,4-シクロ二リン酸シンターゼ

-
非ポリマー , 5種, 251分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O
#4: 化合物 ChemComp-717 / imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-ylmethanol / イミダゾ[2,1-b]チアゾ-ル-6-メタノ-ル


分子量: 154.190 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2OS
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 5 mM ZnCl2 with 34.4 mg/mL protein for 3 days. Crystal soaked in 25 mM cytosine and fragment 717 in same buffer for 3 weeks. VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 5 mM ZnCl2 with 34.4 mg/mL protein for 3 days. Crystal soaked in 25 mM cytosine and fragment 717 in same buffer for 3 weeks. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41626 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique all: 3545 / Χ2: 1.166 / % possible all: 81.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.26 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.03 Å
Translation2.5 Å26.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ike

3ike


解像度: 1.8→25.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.228 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.84 / SU B: 5.768 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / SU Rfree: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2090 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.189 41626 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.35 Å2 / Biso mean: 6.423 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3417 0 65 241 3723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7451.9924818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07835714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6355463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35523.046151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2615547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9351535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.52300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1361.5954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02823634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70331253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6084.51181
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 156 -
Rwork0.225 2958 -
all-3114 -
obs--97.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32340.51840.29942.54571.01491.87660.01070.27140.2664-0.1362-0.03690.016-0.10450.05020.02620.2330.0086-0.02690.18410.05390.199711.632-34.084-12.326
22.51990.34210.53080.76780.18750.9625-0.04790.08990.43350.0399-0.05050.1184-0.1054-0.0640.09840.26270.00540.01080.16650.03520.25118.1-30.973-8.021
35.7554-0.15150.20013.973.32212.6350.21150.66130.8016-0.4388-0.37920.0928-0.3686-0.2770.16770.33790.0525-0.02090.38340.12730.31750.993-29.31-20.171
42.54950.3320.49390.9477-0.11741.13730.04010.24470.0873-0.02880.0122-0.0060.0814-0.1818-0.05230.255-0.0030.01410.20670.02680.16584.911-39.585-11.042
55.22671.7231.03133.09630.92063.26950.116-0.3980.07320.2116-0.1042-0.17220.0460.0771-0.01190.26670.00870.00960.18720.01440.19969.76-38.8371.403
62.25570.72090.28831.55310.18031.17430.01290.13650.06710.1228-0.0049-0.06970.00940.0742-0.0080.2620.0144-0.00540.14690.01310.207716.412-37.509-7.436
71.370.06620.62262.7387-0.6831.829-0.08220.65580.0917-0.03280.0692-0.1233-0.09610.31890.0130.1889-0.01220.03450.51110.04890.190724.224-36.194-26.928
830.4144-6.3055.322417.2467-5.01798.84460.07462.30582.3438-0.2516-0.5559-0.88540.11620.82240.48130.3196-0.1357-0.02530.67210.34010.323524.206-23.843-32.826
92.789-2.06930.73179.7404-2.54412.2024-0.42811.7952-0.2949-0.29490.6545-0.7650.21330.0136-0.22640.2157-0.16530.08131.7508-0.41710.252626.251-42.71-26.846
105.5005-0.11111.61391.64616.636324.4248-0.14710.20990.4389-0.264-0.0719-0.0703-1.09480.20420.2190.27860.03940.04270.52270.06860.311635.676-44.016-27.983
116.021-0.00263.36455.6030.42721.48640.20913.3123-1.7127-0.01050.1704-0.18550.31671.3839-0.37950.17390.00930.11412.0949-0.92710.491826.372-48.401-33.754
121.61880.30551.0121.69990.32671.4286-0.04980.64350.1491-0.05020.029-0.0054-0.02830.33490.02080.2301-0.00350.01420.43340.05330.167616.585-36.143-25.706
137.09014.57780.93215.84330.74940.5010.14930.0623-0.16620.1448-0.1198-0.27410.0610.1161-0.02940.28690.0198-0.01340.2032-0.00150.202227.031-41.592-7.215
142.9438-0.85960.64925.86111.60582.68570.0123-0.17240.11970.22340.0626-0.6427-0.12850.2669-0.07480.24150.0345-0.04060.24230.00320.367842.014-37.427-5.703
153.8615-0.72620.70220.4756-0.12490.88620.082-0.018-0.0530.1494-0.0164-0.08970.05030.0594-0.06560.31540.0498-0.03260.1395-0.00520.261525.742-45.544-4.173
1630.4599-3.06240.41877.6742-2.35381.093-0.1703-1.78630.9550.69610.2894-0.1478-0.1920.1386-0.11910.40130.0554-0.06760.3073-0.05140.231726.598-44.0414.422
172.0735-0.0940.29151.1493-0.51181.09220.03720.2349-0.3015-0.0046-0.0639-0.19060.12570.17260.02680.2740.0649-0.00760.2082-0.03680.266431.753-48.522-8.535
182.36240.09660.31891.1718-0.25920.92530.03140.4461-0.1209-0.0128-0.0571-0.14910.05650.22370.02560.24340.04360.01280.2575-0.01990.218731.113-43.808-13.664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2A21 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4A71 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5A106 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6A122 - 158
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 26
8X-RAY DIFFRACTION8B27 - 38
9X-RAY DIFFRACTION9B39 - 56
10X-RAY DIFFRACTION10B57 - 66
11X-RAY DIFFRACTION11B73 - 93
12X-RAY DIFFRACTION12B94 - 158
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 18
14X-RAY DIFFRACTION14C19 - 38
15X-RAY DIFFRACTION15C39 - 58
16X-RAY DIFFRACTION16C59 - 74
17X-RAY DIFFRACTION17C75 - 113
18X-RAY DIFFRACTION18C114 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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