[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4z4j: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiru... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z4j | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 | ||||||
Components | Cellobiose 2-epimerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Cellobiose 2-epimerase / latulose / lactose | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / N-acylglucosamine 2-epimerase activity / sulfoquinovose isomerase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / N-acetylmannosamine metabolic process / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidase inhibitor activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 1.542 Å | ||||||
Authors | Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 Authors: Shen, Q.Y. / Zhang, Y.Z. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z4j.cif.gz | 191.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4z4j.ent.gz | 151.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z4j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4j | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 47764.355 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (bacteria) Strain: DSM8903 / Gene: Csac_0294 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A4XGA6, cellobiose epimerase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.91 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% v/v isopropanol, 20% v/v PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.968 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 25, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ID / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.968 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.54→30 Å / Num. obs: 55473 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.996 / Net I/av σ(I): 21.709 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 766957 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 1.542→29.625 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.6 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.95 Å2 / Biso mean: 18.6559 Å2 / Biso min: 7.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.542→29.625 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 26.1514 Å / Origin y: 0.1351 Å / Origin z: -8.2895 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|