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- PDB-3wux: Crystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase mutant D115... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wux
タイトルCrystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase mutant D115N/K370S from Streptococcus agalactiae
要素Unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha6/alpha6-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase / unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase activity / chondroitin hydrolase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolase, family 88 / Glycosyl Hydrolase Family 88 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.792 Å
データ登録者Nakamichi, Y. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase mutant D115N/K370S from Streptococcus agalactiae
著者: Nakamichi, Y. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,34313
ポリマ－46,5991
非ポリマー74512
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase
ヘテロ分子

A: Unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,68726
ポリマ－93,1972
非ポリマー1,49024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1690 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area28760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.628, 53.458, 70.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase / Unsaturated glucuronyl hydrolase / SagUGL


分子量: 46598.594 Da / 分子数: 1 / 変異: D115N/K370S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: NEM316 / 遺伝子: gbs1889 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q8E372, unsaturated chondroitin disaccharide hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40% ethylene glycol, 0.1M tris(hydroxymethyl)aminomethane-HCl, 0.5mM dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月18日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 38553 / Num. obs: 35858 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.28 Å2
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ANJ

3anj


解像度: 1.792→29.056 Å / FOM work R set: 0.8164 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 1786 4.99 %Random
Rwork0.1825 ---
obs0.1839 35816 98.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.53 Å2 / Biso mean: 29.31 Å2 / Biso min: 12.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.792→29.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3103 0 48 135 3286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0154460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8661213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7917-1.84010.29381360.23152509264594
1.8401-1.89430.27461220.210326442766100
1.8943-1.95540.23791200.213526472767100
1.9554-2.02530.26911340.202926372771100
2.0253-2.10630.2541440.191526502794100
2.1063-2.20220.21011360.187126062742100
2.2022-2.31820.24931210.186226702791100
2.3182-2.46340.23331450.18832638278399
2.4634-2.65350.20131380.18852636277499
2.6535-2.92030.21961560.17922618277499
2.9203-3.34230.21911510.18772626277799
3.3423-4.20890.191400.17152596273697
4.2089-29.05970.17031430.16842553269693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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