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万見
- PDB-3kf9: Crystal structure of the SdCen/skMLCK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kf9
タイトルCrystal structure of the SdCen/skMLCK complex
要素
  • CaltractinCentrin
  • Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscleミオシン軽鎖キナーゼ
キーワードCELL CYCLE/CALCIUM-BINDING PROTEIN / centrin / myosin light chain kinase (ミオシン軽鎖キナーゼ) / Cell cycle (細胞周期) / Cell division (細胞分裂) / Mitosis (有糸分裂) / Calmodulin-binding / CELL CYCLE-CALCIUM-BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of muscle filament sliding / ミオシン軽鎖キナーゼ / myosin light chain kinase activity / myosin light chain binding / neuromuscular synaptic transmission / cardiac muscle tissue morphogenesis / calmodulin-dependent protein kinase activity / skeletal muscle cell differentiation / striated muscle contraction ...skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of muscle filament sliding / ミオシン軽鎖キナーゼ / myosin light chain kinase activity / myosin light chain binding / neuromuscular synaptic transmission / cardiac muscle tissue morphogenesis / calmodulin-dependent protein kinase activity / skeletal muscle cell differentiation / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / sarcomere / peptidyl-threonine phosphorylation / protein autophosphorylation / calmodulin binding / 細胞周期 / 細胞分裂 / シナプス / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Caltractin / Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Scherffelia dubia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Radu, L. / Assairi, L. / Blouquit, Y. / Durand, D. / Miron, S. / Charbonnier, J.B. / Craescu, C.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural features of the complexes formed by Scherffelia dubia centrin
著者: Radu, L. / Miron, S. / Durand, D. / Assairi, L. / Blouquit, Y. / Charbonnier, J.B.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caltractin
B: Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle
C: Caltractin
D: Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,05212
ポリマ－39,7314
非ポリマー3218
水1,24369
1
A: Caltractin
B: Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0266
ポリマ－19,8652
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area9560 Å2
手法PISA
2
C: Caltractin
D: Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0266
ポリマ－19,8652
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.750, 67.750, 129.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Caltractin / Centrin / Centrin


分子量: 17221.316 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-168 out of 168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scherffelia dubia (植物) / プラスミド: PET24A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06827
#2: タンパク質・ペプチド Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle / ミオシン軽鎖キナーゼ / MLCK2


分子量: 2644.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 566-587 out of 596 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. THIS SEQUENCE OCCURS IN HOMO SAPIENS
参照: UniProt: Q9H1R3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPEG 2000, Nacacodylate 0.1M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月11日
詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 10844 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 1576 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QTX

1qtx


解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 28.577 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29021 525 4.8 %RANDOM
Rwork0.20002 ---
obs0.20427 10318 93.04 %-
all-11661 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.735 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å20 Å2
2--1.5 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2731 0 8 69 2808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.973659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2355337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.60325.07142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.27215581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.251521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4741.51681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92922674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75731078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9794.5985
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
111172medium positional0.410.5
22177medium positional0.460.5
111172medium thermal0.632
22177medium thermal0.592
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 38 -
Rwork0.234 762 -
obs--95.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7299-0.6047-0.83750.86910.52761.2384-0.0098-0.04320.11720.0724-0.0021-0.0338-0.0336-0.02650.01190.0816-0.00540.00050.0066-0.00960.01620.6609-0.79127.3821
27.1843-4.5408-0.41158.042.58782.05150.16260.0275-0.0619-0.2739-0.29430.1994-0.1263-0.01170.13180.126-0.05310.02620.083-0.01050.0467-1.01520.16996.1983
33.4364-0.6028-0.42320.750.25111.0643-0.0247-0.1075-0.29440.01350.02480.0543-0.019-0.0111-0.00010.088-0.0083-0.00130.0527-0.00340.0589.20057.305736.2388
411.62176.3374-4.157612.2871-7.51688.2663-0.1399-0.3237-0.23090.44880.42750.0008-0.5413-0.5567-0.28760.15530.03680.03540.2235-0.04160.077211.01199.368136.3691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3C20 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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