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- PDB-6xpm: Crystal Structure of Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xpm
タイトルCrystal Structure of Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus with microfluidics crystals at room temperature
要素Lysophospholipase L1
キーワードHYDROLASE / Sialate O-acetylesterase / alpha-beta fold / microfluidics / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG
機能・相同性: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / SGNH/GDSL hydrolase family protein / Sialate O-acetylesterase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, Y. / Johnson, J. / Welk, L. / Endres, M. / Levens, A. / Sherrell, D.A. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus with microfluidics crystals at room temperature
著者: Kim, Y. / Johnson, J. / Welk, L. / Endres, M. / Levens, A. / Sherrell, D.A. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysophospholipase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9932
ポリマ－22,9701
非ポリマー231
水52229
1
A: Lysophospholipase L1
ヘテロ分子

A: Lysophospholipase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9874
ポリマ－45,9412
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area2740 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.627, 102.627, 102.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysophospholipase L1 / Sialate O-acetylesterase


分子量: 22970.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
遺伝子: DW857_02595, DW869_04095, DWX04_04065, DWZ06_04430, DXA04_10705, EAJ12_11850, ERS852457_01148, ERS852509_00617, ERS852556_01195, SAMN04487923_100221
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: A0A174J845, UniProt: A6L7S9*PLUS, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microfluidic / pH: 4.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.5, 2.5 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14414 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 54.72 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 620 / CC1/2: 0.461 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6NJC

6njc


解像度: 2.3→33.59 Å / SU ML: 0.1833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.8964
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1843 693 4.83 %
Rwork0.1488 13650 -
obs0.1505 14343 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 1 29 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54282175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1695604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.480.2981240.24792409X-RAY DIFFRACTION88.85
2.48-2.730.2521420.20492716X-RAY DIFFRACTION99.31
2.73-3.120.21561540.18192757X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.930.19511310.14482808X-RAY DIFFRACTION99.97
3.94-33.590.14571420.1242960X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.00081234542.713260203082.365075859632.173097074280.006692296553652.30154702677-0.000451744461627-0.2806644331350.1850432240210.279523267667-0.191866489142-2.09987920213E-5-0.467347233981-0.02384893843840.1277243235870.490289545615-0.03963522476750.05578216552890.369646015003-0.03752903140180.469174889461-33.901826134-8.23879302359-4.22757873249
22.30962871922-0.72649905247-0.7359159034653.22871572892-0.3828569958243.62232178194-0.008152764607110.191533566421-0.2329023843460.356889938486-0.1410157712320.3404903569050.175171953362-0.3935149636490.1004762168490.413059532741-0.06620229330120.1185691081260.370627698099-0.01712700651140.476181536928-37.1190897196-20.1241015843-0.0550176124417
36.5127087219-0.3906376137010.3653102435394.111174721380.1601374168362.86740494552-0.150466143958-0.3582440982340.2061017531080.9400456478960.0117896778820.410673925195-0.00517963399575-0.2837427194840.1564406148910.667470999942-0.04044046433220.1408258474570.401140835344-0.02470916306940.3729882802-34.6457009468-17.005361527611.348989703
43.87056928546-0.824225004176-1.83161704533.779010067180.9288610048355.17838623734-0.193580256403-0.623714871536-0.1912641311720.8953896289390.0944316300337-0.361506059120.4604146440610.7964989371660.09122064247660.5782273213260.053797013553-0.04475057375510.4585639479060.04168603987340.415620257186-20.0680971714-26.71612483757.17220991146
54.790345175122.13233788555-3.946154506024.70228358581-1.897730469763.28193636427-0.144208512102-0.00179017725518-0.5267652598690.524316401813-0.111541678294-0.02742385011460.842401092262-0.2966069199350.3738562344840.709699638779-0.09128526856040.07443899395510.375389782624-0.02991685704540.523044341677-32.9829450346-33.81751482150.823541164764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 204 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 205 through 220 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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