PDB-4guv: TetX derivatized with Xenon

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4guv

タイトル

TetX derivatized with Xenon

要素

TetX2 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / rossmann fold / monooxygenase / xenon

機能・相同性

機能・相同性情報

tetracycline 11a-monooxygenase / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Volkers, G. / Palm, G.J. / Panjikar, S. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Putative dioxygen-binding sites and recognition of tigecycline and minocycline in the tetracycline-degrading monooxygenase TetX.
著者: Volkers, G. / Damas, J.M. / Palm, G.J. / Panjikar, S. / Soares, C.M. / Hinrichs, W.

履歴

登録	2012年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月18日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4guv.cif.gz	592.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4guv.ent.gz	493.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4guv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4guv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4guv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a6nC 4a99C 2xdoS 2xyo 2y6q 2y6r S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xdo-1 3v3n-4 3v3o-2 2y6q-3 2y6q-2 2xyo-3 3v3n-1 4a6n-3 2y6q-1 4a99-3 3v3o-3 2y6q-4 3p9u-2 4a6n-1 4a6n-4 2y6r-2 3v3o-4 4a99-2 3p9u-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TetX2 protein

B: TetX2 protein

C: TetX2 protein

D: TetX2 protein

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.710, 80.140, 87.500
Angle α, β, γ (deg.)	111.04, 90.06, 93.29
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.99983, -0.018407, 0.000508), (-0.018404, -0.999818, -0.005034), (0.0006, 0.005024, -0.999987)	-28.90917, 35.8754, 55.23034
3	given	(-0.999824, 0.015815, 0.010096), (0.018258, 0.943987, 0.329477), (-0.00432, 0.329603, -0.94411)	-32.29535, 6.80654, 63.98867
4	given	(-0.999946, -0.00902, -0.005178), (0.010228, -0.943074, -0.332427), (-0.001884, -0.332462, 0.943115)	1.91382, -17.80342, -3.03882

#1: タンパク質	TetX2 protein 分子量: 44703.395 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 11-388 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: tetX2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q93L51
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.5 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→50 Å / Num. obs: 41035 / 冗長度: 3.43 % / B_iso Wilson estimate: 54.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.79
反射シェル	解像度: 2.73→2.8 Å / 冗長度: 1.83 % / R_merge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 1.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0116	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2XDO

2xdo

解像度: 2.73→47.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 24.718 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22105	2183	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18131	-	-	-
obs	0.18332	41035	93.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.36 Å²	-1.32 Å²	-1.15 Å²
2-	-	0.97 Å²	-0.3 Å²
3-	-	-	-3.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11476	0	275	93	11844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	11984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.982	16285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.782	5	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.466	25.594	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.808	15	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.624	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9128

LS精密化シェル

解像度: 2.73→2.801 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	132	-
R_work	0.3	1977	-
obs	-	-	62.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.639	-0.6115	2.0837	2.968	-0.7384	4.1526	0.0867	-0.1943	-0.2673	0.0862	-0.0476	0.535	0.2804	-0.4311	-0.039	0.0698	-0.0974	0.045	0.1638	0.0107	0.257	-15.8467	-0.8688	14.9502
2	2.7189	0.784	1.7873	2.2778	0.3038	3.9639	0.1003	-0.0136	0.0438	-0.0803	0.0089	0.3049	-0.019	-0.4004	-0.1092	0.0416	0.0167	0.0302	0.1452	-0.0299	0.1343	-11.0381	4.657	9.8319
3	2.7536	0.855	-0.2433	6.0424	-0.892	5.7097	0.1076	0.2339	0.1301	-0.1968	-0.068	-0.3918	0.0006	0.6036	-0.0396	0.0227	0.0047	-0.0073	0.219	-0.0384	0.1939	13.6145	4.8482	15.1169
4	5.352	-1.4298	0.3426	3.7411	-0.5966	3.0755	-0.0171	-0.2487	0.441	0.2964	0.0078	0.2114	-0.6899	-0.2842	0.0093	0.2019	0.084	0.0679	0.1512	-0.0565	0.1745	-13.6582	16.3194	14.7415
5	2.9888	1.3279	-1.694	2.8275	-1.1802	4.55	0.1615	0.2221	0.3613	-0.0621	-0.2005	0.4946	-0.3706	-0.4944	0.039	0.0487	0.0826	-0.0258	0.1559	-0.0322	0.2449	13.8356	36.4137	40.8444
6	3.0185	-0.5632	-1.4445	2.5175	0.5309	3.4869	0.0957	0.0099	0.0107	0.144	-0.0241	0.2483	0.0375	-0.2917	-0.0716	0.0552	-0.0344	-0.002	0.1586	-0.0548	0.0848	18.605	30.7309	46.0363
7	3.7687	-0.5538	0.2463	7.7112	-2.0181	5.8594	0.0677	-0.2053	-0.2997	0.1028	-0.0878	-0.6812	0.0231	0.6079	0.0201	0.0091	-0.0072	0.0106	0.2452	-0.0505	0.2365	43.2576	30.4364	40.5855
8	3.4569	0.8684	-0.1726	3.9628	-0.0224	2.1311	0.0153	0.2452	-0.4069	-0.1868	-0.115	0.1776	0.5787	-0.3737	0.0996	0.1797	-0.0859	-0.0281	0.1858	-0.0859	0.1759	15.94	19.2164	40.8291
9	3.6637	-0.2816	1.2899	3.4614	0.2948	3.1551	0.0529	0.4083	0.0305	-0.4739	0.1352	-0.5396	-0.158	0.556	-0.1881	0.2663	-0.1756	0.1121	0.2242	-0.027	0.2272	-14.8768	-23.5562	44.1826
10	3.3197	-0.6671	1.2682	3.1559	-0.577	3.8384	-0.0887	0.0573	0.249	-0.1174	0.0973	-0.3138	-0.4409	0.478	-0.0085	0.2165	-0.1512	0.0205	0.1246	0.0063	0.1776	-19.5189	-20.083	51.1694
11	4.9368	0.5938	0.4332	5.0421	1.3293	4.4286	-0.1725	-0.1569	0.4361	-0.0745	-0.0323	0.5264	-0.3373	-0.5543	0.2048	0.4389	0.1628	-0.1284	0.2111	0.0401	0.3836	-44.2907	-17.9176	46.3949
12	4.0713	-0.2021	1.1468	3.3561	0.7646	1.8124	0.0594	0.0132	0.7949	-0.3005	-0.0514	-0.2242	-0.9579	0.3379	-0.008	0.7137	-0.2679	0.0516	0.2251	0.0631	0.4194	-16.9498	-7.3433	49.9869
13	3.6108	0.2949	-1.6018	3.6842	-0.3134	3.8646	-0.0844	-0.4487	-0.1859	0.5925	0.1175	-0.5317	0.3359	0.671	-0.0331	0.3893	0.1927	-0.1018	0.2397	-0.0556	0.2072	19.6207	-22.1268	11.5224
14	3.1249	0.695	-1.1868	2.9278	-0.1204	3.3038	-0.1136	-0.0981	-0.3706	0.1296	0.1468	-0.36	0.5159	0.4931	-0.0332	0.3157	0.1941	-0.0274	0.1547	-0.0063	0.1826	14.9725	-25.5918	4.3266
15	4.9063	-0.7013	0.2128	5.5143	1.2305	3.4884	-0.2417	0.1614	-0.5319	0.1619	0.0782	0.4342	0.5337	-0.4314	0.1635	0.5565	-0.1777	0.1841	0.2217	0.0366	0.3526	-9.8055	-27.7365	9.3305
16	3.3128	0.5644	-1.7388	2.8379	0.424	2.8535	0.0038	-0.1599	-0.8234	0.376	-0.0593	-0.2924	1.0836	0.375	0.0554	0.8392	0.2674	-0.0261	0.2772	0.0308	0.4866	17.5262	-38.336	5.7023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	88 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 284
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	285 - 382
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	15 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	88 - 189
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	190 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	285 - 382
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	15 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	88 - 189
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	190 - 284
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	285 - 382
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	15 - 87
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	88 - 189
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	190 - 284
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	285 - 382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)