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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xyo
タイトルStructural basis for a new tetracycline resistance mechanism relying on the TetX monooxygenase
要素TETX2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / MONOOXYGENASE / TIGECYCLINE / TETRACYCLINE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


tetracycline 11a-monooxygenase / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent monooxygenase TetX / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin-dependent monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Volkers, G. / Palm, G.J. / Weiss, M.S. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for a New Tetracycline Resistance Mechanism Relying on the Tetx Monooxygenase.
著者: Volkers, G. / Palm, G.J. / Weiss, M.S. / Wright, G.D. / Hinrichs, W.
履歴
登録2010年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TETX2
B: TETX2
C: TETX2
D: TETX2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,41617
ポリマ－181,4134
非ポリマー4,00313
水00
1
A: TETX2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3314
ポリマ－45,3531
非ポリマー9783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TETX2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4235
ポリマ－45,3531
非ポリマー1,0704
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TETX2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3314
ポリマ－45,3531
非ポリマー9783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TETX2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3314
ポリマ－45,3531
非ポリマー9783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.345, 68.658, 152.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 15 - 383 / Label seq-ID: 26 - 394

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
4DD
3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.92085, -0.01904, 0.38944), (0.02219, -0.99975, 0.00358), (0.38928, 0.01194, 0.92104)1.45742, 27.51358, -63.91325
2given(0.92002, 0.02744, -0.3909), (0.02562, -0.99962, -0.00988), (-0.39102, -0.00092, -0.92038)27.45115, 57.9208, 138.40414
3given(0.91982, 0.02069, -0.3918), (0.01471, -0.99972, -0.01827), (-0.39207, 0.01104, -0.91987)24.95196, 62.54359, 57.76976
4given(0.99994, -0.01087, -0.00125), (0.01088, 0.99991, 0.00835), (0.00116, -0.00837, 0.99996)29.34893, -4.61539, 75.14562
5given(-0.92056, -0.01227, 0.39042), (0.0113, -0.99992, -0.0048), (0.39045, -1.0E-5, 0.92063)3.78406, 33.04819, 16.66887
6given(-0.99996, -0.00841, 0.00171), (-0.00842, 0.9999, -0.01108), (-0.00161, -0.0111, -0.99994)29.16241, -28.63923, 75.16801

-
要素

#1: タンパク質
TETX2


分子量: 45353.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): PRARE2 / 参照: UniProt: Q93L51
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
解説: DATA WERE COLLECTED IN A MULTIPLE-WAVELENGTH ANOMALOUS-DISPERSION EXPERIMENT AT PEAK WAVELENGTH, INFLECTION AND HIGH ENERGY REMOTE. DATA STATISTICS ARE GIVEN FOR THE DATA COLLECTED AT PEAK ...解説: DATA WERE COLLECTED IN A MULTIPLE-WAVELENGTH ANOMALOUS-DISPERSION EXPERIMENT AT PEAK WAVELENGTH, INFLECTION AND HIGH ENERGY REMOTE. DATA STATISTICS ARE GIVEN FOR THE DATA COLLECTED AT PEAK WAVELENGTH, WHICH WERE ALSO USED FOR MODEL REFINEMENT.
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 1.4 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE BUFFER PH 7 AT 293 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97784, 0.97838, 0.95369
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.977841
20.978381
30.953691
反射解像度: 3→99 Å / Num. obs: 35742 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 53.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3→149.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 47.493 / SU ML: 0.421 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.53 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES 247-249 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29454 1783 5 %RANDOM
Rwork0.24905 ---
obs0.25132 33933 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.471 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20.76 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→149.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11421 0 258 0 11679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02212000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.97816317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.60751478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.69725.442588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.19151981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3881558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4151.57307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.831211758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46534693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3814.54549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1464tight positional0.040.05
2B1464tight positional0.040.05
3C1464tight positional0.040.05
4D1464tight positional0.040.05
1A1390loose positional0.055
2B1390loose positional0.055
3C1390loose positional0.045
4D1390loose positional0.045
1A1464tight thermal0.070.5
2B1464tight thermal0.070.5
3C1464tight thermal0.060.5
4D1464tight thermal0.060.5
1A1390loose thermal0.0810
2B1390loose thermal0.0810
3C1390loose thermal0.0810
4D1390loose thermal0.0710
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 139 -
Rwork0.329 2425 -
obs--98.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32940.8288-0.5513.1025-0.72092.9498-0.00330.14690.4616-0.09640.14120.314-0.4836-0.1248-0.1380.12780.0360.01010.03490.04750.112118.871614.923616.2262
22.60490.9912-0.17012.356-0.57742.57190.0205-0.10860.07220.09060.07710.03770.01970.0439-0.09750.0810.02850.02090.0916-0.06480.073424.42363.292419.3342
32.4380.80910.0261.6004-0.3942.8041-0.0253-0.2824-0.05740.12440.1726-0.19430.13670.1235-0.14730.03710.0562-0.00250.1164-0.01340.103426.14812.205126.027
43.1478-2.14930.767118.8354-3.20726.53670.1036-0.67240.4360.83360.66581.597-0.4749-0.2498-0.76940.1182-0.00530.13460.2816-0.1230.352523.347815.19833.8496
51.6582-0.7898-0.28672.94970.432.3418-0.0587-0.03940.3640.11510.058-0.3066-0.2961-0.00310.00070.1196-0.0290.00680.0503-0.03940.111110.047544.288258.454
62.6746-1.13220.13852.49080.47722.12240.01480.12830.0463-0.11470.0747-0.04940.00790.0255-0.08940.1103-0.04770.02180.08730.04720.06264.576932.593255.4686
71.0804-0.32190.13163.39820.07182.5271-0.00590.2154-0.1508-0.07960.00960.16460.0981-0.0421-0.00380.0141-0.03050.00540.1353-0.00880.16332.849731.419648.7801
85.0186-1.6452-0.263523.73867.58589.1126-0.13520.66050.2146-0.94890.6856-1.0098-0.15070.383-0.55040.14-0.00050.08680.27860.12640.18275.553844.37440.8272
93.47781.73380.41993.9384-0.04612.5332-0.0621-0.258-0.5204-0.161-0.1635-0.53770.50050.39350.22570.15610.14060.0570.29960.15590.185214.878512.603980.4977
102.33451.2945-0.7264.152-0.42952.57060.0578-0.5483-0.08320.244-0.1691-0.1657-0.09360.31690.11130.07430.0273-0.06160.3870.10450.114510.734324.158985.5175
111.37140.8565-0.56124.6994-0.25662.26340.093-0.7780.04010.4046-0.2024-0.0955-0.24970.43660.10940.1544-0.054-0.1110.52350.03410.244611.744925.261892.3655
121.97161.57-0.322912.9372-0.0924.90550.0301-0.787-0.63321.1830.1923-1.52280.27880.777-0.22240.19190.0611-0.13640.74130.25560.525817.651612.3998.4867
132.36051.2236-0.14283.5540.27832.6552-0.0798-0.2973-0.456-0.1057-0.208-0.47040.52520.62490.28780.17430.15080.02350.34250.15480.1972-14.23317.39295.5641
142.33291.1032-0.88163.9322-0.44712.97440.0045-0.5996-0.04670.2892-0.1268-0.1694-0.07020.50160.12230.08880.0336-0.07640.44190.06430.0953-18.286528.946310.6426
151.10220.6115-0.84645.0953-0.60642.60040.1348-0.78780.03650.4747-0.26750.0675-0.27450.59910.13270.2017-0.0583-0.09160.60520.03170.225-17.264130.013217.5023
162.8423.9103-1.522417.44180.76895.6801-0.0701-0.8811-0.40671.41230.3294-1.0410.31261.0054-0.25930.24290.1167-0.18420.86570.26280.4948-11.449217.056323.558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3A260 - 334
4X-RAY DIFFRACTION4A335 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5B15 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6B94 - 259
7X-RAY DIFFRACTION7B260 - 334
8X-RAY DIFFRACTION8B335 - 383
9X-RAY DIFFRACTION9D15 - 93
10X-RAY DIFFRACTION10D94 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11D260 - 334
12X-RAY DIFFRACTION12D335 - 383
13X-RAY DIFFRACTION13C15 - 93
14X-RAY DIFFRACTION14C94 - 259
15X-RAY DIFFRACTION15C260 - 334
16X-RAY DIFFRACTION16C335 - 383

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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