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- PDB-6njc: Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6njc
タイトルCrystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus
要素Sialate O-acetylesterase
キーワードHYDROLASE / Sialate O-acetylesterase / alpha-beta fold / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG
機能・相同性: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / metal ion binding / ACETIC ACID / FORMIC ACID / Sialate O-acetylesterase
機能・相同性情報
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, Y. / Li, H. / Biglow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus
著者: Kim, Y. / Li, H. / Biglow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialate O-acetylesterase
B: Sialate O-acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,00916
ポリマ－46,3162
非ポリマー69314
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area15960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.046, 101.046, 100.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sialate O-acetylesterase


分子量: 23158.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154) (バクテリア)
株: ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154
遺伝子: BVU_4141 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6L7S9

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非ポリマー , 6種, 256分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Acetate pH 4.5, 2.5 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 45853 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 29.22 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2264 / CC1/2: 0.827 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→40.097 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 18.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 2291 5 %
Rwork0.1583 --
obs0.1595 45804 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3218 0 39 242 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.784714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.292101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8978-1.93910.21651220.22152678X-RAY DIFFRACTION99
1.9391-1.98420.25681410.19012725X-RAY DIFFRACTION100
1.9842-2.03380.18871150.18632740X-RAY DIFFRACTION100
2.0338-2.08880.19991610.17322689X-RAY DIFFRACTION100
2.0888-2.15030.20191730.16342692X-RAY DIFFRACTION100
2.1503-2.21970.18361320.1632712X-RAY DIFFRACTION100
2.2197-2.2990.19841780.16172694X-RAY DIFFRACTION100
2.299-2.3910.21971270.16422717X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.49990.21061210.17662752X-RAY DIFFRACTION100
2.4999-2.63160.21961570.17122698X-RAY DIFFRACTION100
2.6316-2.79650.19441280.17242746X-RAY DIFFRACTION100
2.7965-3.01230.18831420.17922725X-RAY DIFFRACTION100
3.0123-3.31530.20891810.16542683X-RAY DIFFRACTION100
3.3153-3.79470.15221540.13992729X-RAY DIFFRACTION100
3.7947-4.77970.13851290.12362759X-RAY DIFFRACTION100
4.7797-40.10560.16671300.15812774X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8819-0.08940.85380.12560.69755.4852-0.15920.00020.3924-0.0072-0.17670.3043-0.3805-0.25160.24850.21390.02650.02420.1979-0.00330.222541.580956.9763-6.184
21.92120.2008-0.55581.6019-0.25671.5039-0.2921-0.399-0.4250.1570.04040.04670.35160.160.10080.27970.09210.09170.20230.11030.277648.852647.72294.0809
30.6286-0.4041-0.67430.87490.05511.7131-0.0913-0.80190.08870.12950.0042-0.2865-0.02120.60010.09150.23560.0184-0.05470.48310.04180.202961.802661.85395.9852
40.1786-0.3373-0.04251.4998-0.96061.9438-0.3386-0.7112-0.48280.33210.1368-0.48320.15810.92090.2570.26310.20330.01020.44580.19460.316464.445550.39042.466
56.5874-0.15570.60354.5611-1.7666.4173-0.1110.06970.41070.0634-0.195-0.3943-0.46560.29690.19080.2197-0.03310.02490.20750.01040.226459.468657.5503-14.5806
61.15170.10390.31161.4580.92161.0615-0.32150.1867-0.4976-0.03960.02860.06430.4958-0.1480.19460.3199-0.04340.12120.1693-0.06870.338651.485945.7569-18.7613
71.7384-0.5684-0.16973.1625-0.05311.1308-0.27220.7308-0.3087-0.36180.0142-0.21530.271-0.20890.05740.3518-0.1170.1030.3227-0.13910.305953.359449.0699-30.244
81.28240.3129-0.71171.32310.05552.0646-0.22540.7448-0.2069-0.23630.07750.36230.1421-0.82050.21120.2549-0.1079-0.02370.4548-0.12580.255637.693754.5811-24.7698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 139 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 169 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 170 through 220 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 20 through 38 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 39 through 84 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 85 through 137 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 138 through 220 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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