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- PDB-6njc: Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroide... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6njc | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus | ||||||
![]() | Sialate O-acetylesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Sialate O-acetylesterase / alpha-beta fold / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG | ||||||
Function / homology | SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / lysophospholipase activity / SGNH hydrolase superfamily / metal ion binding / ACETIC ACID / FORMIC ACID / Sialate O-acetylesterase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Li, H. / Biglow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus Authors: Kim, Y. / Li, H. / Biglow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 186 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 155.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 460.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 461.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23158.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154 Gene: BVU_4141 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 256 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Acetate pH 4.5, 2.5 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 2, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 45853 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 29.22 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 32.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2264 / CC1/2: 0.827 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→40.097 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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