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- PDB-3j9s: Single particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9s
タイトルSingle particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstrom resolution
要素Intermediate capsid protein VP6
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / rotavirus (ロタウイルス) / virus (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=13 icosahedral viral capsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / サンドイッチ / Orthogonal Bundle ...Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine rotavirus strain UK/G6 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Grant, T. / Grigorieff, N.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Measuring the optimal exposure for single particle cryo-EM using a 2.6 Å reconstruction of rotavirus VP6.
著者: Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Biological specimens suffer radiation damage when imaged in an electron microscope, ultimately limiting the attainable resolution. At a given resolution, an optimal exposure can be defined that ...Biological specimens suffer radiation damage when imaged in an electron microscope, ultimately limiting the attainable resolution. At a given resolution, an optimal exposure can be defined that maximizes the signal-to-noise ratio in the image. Using a 2.6 Å resolution single particle cryo-EM reconstruction of rotavirus VP6, determined from movies recorded with a total exposure of 100 electrons/Å(2), we obtained accurate measurements of optimal exposure values over a wide range of resolutions. At low and intermediate resolutions, our measured values are considerably higher than obtained previously for crystalline specimens, indicating that both images and movies should be collected with higher exposures than are generally used. We demonstrate a method of using our optimal exposure values to filter movie frames, yielding images with improved contrast that lead to higher resolution reconstructions. This 'high-exposure' technique should benefit cryo-EM work on all types of samples, especially those of relatively low-molecular mass.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年7月1日Group: Derived calculations
改定 1.32015年9月2日Group: Database references
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6272
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0875
ポリマ－44,9061
非ポリマー1814
水1,892105
1
A: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子

A: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子

A: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,26015
ポリマ－134,7173
非ポリマー54312
水543
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation3
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Intermediate capsid protein VP6 / Rotavirus VP6


分子量: 44905.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine rotavirus strain UK/G6 (ウイルス)
発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: P04509, UniProt: P18610*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bovine rotavirus VP6 / タイプ: VIRUS
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: C-Flat 1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K / 湿度: 80 %
詳細: Blot for 4-6 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).
手法: Blot for 4-6 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年8月13日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 100 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
詳細: 130 frames, 0.1 seconds per frame, 100 e/A2, super resolution
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2Cootモデルフィッティング
3FREALIGN３次元再構成
4IMAGIC３次元再構成
5TIGRIS３次元再構成
CTF補正詳細: each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4000 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.023 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.023 Å
詳細: Final map is a 13-fold average of VP6 trimers from the asymmetric unit of the reconstruction of the whole capsid. Data at resolutions higher than 15A were not used for alignments.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--Model was refined by real space refinement using COOT and all restraints.
原子モデル構築PDB-ID: 1QHD

1qhd


PDB chain-ID: A
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 4 105 3271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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