PDB-3guo: T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3guo

タイトル

T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--phenol binding

要素

Lysozyme

リゾチーム

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / T4 lysozyme / apolar cavity / buried charge /

ligand binding (リガンド) /

Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process /

リゾチーム /

lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Liu, L. / Matthews, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
著者: Liu, L. / Baase, W.A. / Michael, M.M. / Matthews, B.W.

履歴

登録	2009年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3guo.cif.gz	151.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3guo.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3guo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/3guo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3guiSC 3gujC 3gukC 3gulC 3gumC 3gunC 3gupC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3guk-1 1l45-d 1c6f-d 5jws-d 152l-d 3gup-1 170l-d 3gul-2 1l34-d 1c68-d 1cv1-d 3dn8-d 1c6j-d 1cu5-d 1l90-d 1c6t-d 1l46-d 3cdo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (6)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

ヘテロ分子

37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.514, 49.514, 130.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLY	GLY	1	A	A	1 - 12	1 - 12
2	1	MET	MET	GLY	GLY	1	B	B	1 - 12	1 - 12
1	2	LEU	LEU	THR	THR	4	A	A	13 - 26	13 - 26
2	2	LEU	LEU	THR	THR	4	B	B	13 - 26	13 - 26
1	3	ILE	ILE	PRO	PRO	1	A	A	27 - 37	27 - 37
2	3	ILE	ILE	PRO	PRO	1	B	B	27 - 37	27 - 37
1	4	ASP	ASP	ILE	ILE	4	A	A	38 - 50	38 - 50
2	4	ASP	ASP	ILE	ILE	4	B	B	38 - 50	38 - 50
1	5	GLY	GLY	HOH	HOH	1	A - B	A - J	51 - 602	51
2	5	GLY	GLY	HOH	HOH	1	B	B - J	51 - 602	51

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Lysozyme / リゾチーム / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18709.568 Da / 分子数: 2 / 変異: T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E / プラスミド: p1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム
#2: 化合物	ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル / フェノール分子量: 94.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 0.14M magnesium/calcium sulfate, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→46.28 Å / Num. obs: 16884 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 42.8
反射シェル	解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GUI

3gui

解像度: 2.16→46.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 18.617 / SU ML: 0.215 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27248	848	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21383	-	-	-
obs	0.21666	15928	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→46.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2586	0	18	89	2693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.49	1.963	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.25	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.524	23.077	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.974	15	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.471	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.027	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.779	1.5	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.225	2	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.251	3	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.401	4.5	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	100	tight positional	0.03	0.05
3	79	tight positional	0.03	0.05
5	931	tight positional	0.03	0.05
2	123	medium positional	0.17	0.5
4	96	medium positional	0.18	0.5
1	100	tight thermal	0.11	0.5
3	79	tight thermal	0.11	0.5
5	931	tight thermal	0.09	0.5
2	123	medium thermal	0.64	2
4	96	medium thermal	0.36	2

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	55	-
R_work	0.253	1186	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.1762	1.4751	4.9511	4.3875	7.8482	16.2547	-0.0049	-0.2257	0.6524	-0.4398	-0.4549	0.1868	-0.6198	-1.4946	0.4598	-0.1515	-0.0166	-0.0794	-0.0231	-0.0115	-0.0983	-0.794	13.186	-4.808
2	6.7399	1.5676	-1.8068	7.8803	-5.8972	4.4756	0.0049	-0.3582	-0.2331	0.0234	-0.0825	0.7285	0.1367	-0.2719	0.0776	-0.2078	-0.0025	0.0154	0.0388	-0.1482	-0.075	-5.575	11.563	13.107
3	2.8608	0.1062	1.0681	2.4133	2.6501	8.2982	0.1337	-0.1424	-0.1574	0.2375	-0.1417	0.0548	0.9897	-0.6346	0.0081	-0.0272	-0.136	-0.0216	-0.1468	0.0315	-0.1632	4.16	4.002	-2.175
4	0.0183	0.0401	-0.1345	0.2356	-0.2099	1.0377	-0.0137	-0.0426	0.0269	-0.052	0.092	0.0586	-0.0249	-0.1005	-0.0783	-0.0082	-0.0107	-0.0324	-0.0048	-0.0193	-0.0158	9.762	14.32	-4.803
5	3.56	1.3185	7.9137	12.438	8.0819	19.8119	-0.4719	-0.626	0.1392	-0.3535	-0.1348	0.8166	-1.7785	-0.7354	0.6067	0.0321	-0.0403	-0.0122	-0.1301	-0.0676	-0.099	11.435	25.397	-6.873
6	19.347	-3.3381	-0.8263	8.4894	2.8238	17.4509	-0.9516	1.3835	2.6365	-0.5375	0.3729	-0.6624	-2.9076	2.0006	0.5787	0.4655	-0.3901	-0.2235	-0.1638	0.2436	0.1494	12.974	30.494	-25.323
7	2.5737	-0.2403	2.549	2.9383	1.0249	8.2495	-0.1545	0.2406	0.0836	-0.1473	0.131	-0.1702	-0.7764	1.1673	0.0236	-0.1152	-0.1712	0.0323	0.0031	-0.0219	-0.1614	20.804	20.68	-10.264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	501
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	601
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	170 - 675
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	165 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	165 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 12
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	51 - 162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)