PDB-3cdo: Bacteriophage T4 lysozyme mutant R96V in wildtype background at l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cdo

タイトル

Bacteriophage T4 lysozyme mutant R96V in wildtype background at low temperature

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME / VIRAL LYSOZYME / MUTATIONAL ANALYSIS / PROTEIN ENGINEERING / THERMAL STABILITY / PROTEIN STABILITY / PROTEIN ELECTROSTATICS / PROTEIN STRUCTURE / CHARGE BURIAL / HYDROGEN BONDING / HELIX DIPOLE / PROTEIN CREVICES / STERIC STRAIN / TEMPERATURE-SENSITIVE MUTANT / PHOSPHATE BINDING SITE / MPD BINDING SITE / CHLORIDE BINDING SITE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteriophage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Mooers, B.H.M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
著者: Mooers, B.H. / Baase, W.A. / Wray, J.W. / Matthews, B.W.

履歴

登録	2008年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cdo.cif.gz	163.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cdo.ent.gz	129 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cdo_validation.pdf.gz	464 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cdo_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	3cdo_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	3cdo_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/3cdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/3cdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c7wC 3c7yC 3c7zC 3c80C 3c81C 3c82C 3c83C 3c8qC 3c8rC 3c8sC 3cdqC 3cdrC 3cdtC 3cdvC 3fi5C 1l63S 1l34 3f8v 3f9l 3fa0 3fad S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l28-d 1l17-d 1g0m-d 1c6m-d 1l45-d 1c6h-d 1l19-d 163l-d 145l-d 3hu8-d 1l90-d 1c69-d 120l-d 1cv1-d 1c6t-d 2rb1-d 171l-d 1l24-d 3ht8-d 3htf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

C: Lysozyme

D: Lysozyme

ヘテロ分子

75.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Lysozyme

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.820, 99.316, 123.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	TYR	TYR	A	A	1 - 18	1 - 18
2	1	MET	MET	TYR	TYR	B	B	1 - 18	1 - 18
3	1	MET	MET	TYR	TYR	C	C	1 - 18	1 - 18
4	1	MET	MET	TYR	TYR	D	D	1 - 18	1 - 18
5	2	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	32 - 162	32 - 162
6	2	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	32 - 162	32 - 162
7	2	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	32 - 162	32 - 162
8	2	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	32 - 162	32 - 162

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin 分子量: 18604.404 Da / 分子数: 4 / 変異: R96V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage T4 (ファージ) / 遺伝子: E / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化	pH: 6 詳細: 100 MM MES, 200 MM LITHIUM SULFATE, 35% MPD, 50 MM 1,6-HEXANEDIOL, 12.5 MG/ML, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K, pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.07
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月15日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→23.881 Å / Num. obs: 58798 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.235 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EPMR		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L63

1l63

解像度: 1.87→23.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 3.331 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1134	1.9 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.187	57595	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→23.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5310	0	62	859	6231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.112	1.97	7354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.709	5	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.576	23.509	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.662	15	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.409	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.585	1.5	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.956	2	5288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.668	3	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.632	4.5	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1076 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.42	5
2	B	loose positional	0.48	5
3	C	loose positional	0.42	5
4	D	loose positional	0.45	5
1	A	loose thermal	1.93	10
2	B	loose thermal	2.83	10
3	C	loose thermal	2.52	10
4	D	loose thermal	3.2	10

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.92 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	62	-
R_work	0.218	3882	-
obs	-	-	91.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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