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- PDB-3al4: Crystal structure of the swine-origin A (H1N1)-2009 influenza A v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3al4
タイトルCrystal structure of the swine-origin A (H1N1)-2009 influenza A virus hemagglutinin (HA) reveals similar antigenicity to that of the 1918 pandemic virus
要素(Hemagglutininヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/VIRAL PROTEIN (ウイルス性) / TRIMER / ENVELOPE PROTEIN (エンベロープ (ウイルス)) / HEMAGGLUTININ (ヘマグルチニン) / VIRAL PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.872 Å
データ登録者Zhang, W. / Qi, J.X. / Shi, Y. / Li, Q. / Yan, J.H. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the swine-origin A (H1N1)-2009 influenza A virus hemagglutinin (HA) reveals similar antigenicity to that of the 1918 pandemic virus
著者: Zhang, W. / Qi, J. / Shi, Y. / Li, Q. / Gao, F. / Sun, Y. / Lu, X. / Lu, Q. / Vavricka, C.J. / Liu, D. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年8月4日ID: 3LYJ
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,31535
ポリマ－346,48112
非ポリマー6,83423
水5,711317
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0386
ポリマ－57,7472
非ポリマー1,2914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23620 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2006
ポリマ－57,7472
非ポリマー1,4534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0567
ポリマ－57,7472
非ポリマー1,3095
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
4
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4105
ポリマ－57,7472
非ポリマー6643
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
5
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7584
ポリマ－57,7472
非ポリマー1,0112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
6
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8537
ポリマ－57,7472
非ポリマー1,1065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.020, 115.190, 114.985
Angle α, β, γ (deg.)62.31, 77.94, 81.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 36989.715 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 18-344 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEMAGGLUTININ HA1
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/CALIFORNIA/04/2009(H1N1) / 遺伝子: HEMAGGLUTININ
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: タンパク質
Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 20757.035 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HEMAGGLUTININ HA2
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/CALIFORNIA/04/2009(H1N1) / 遺伝子: HEMAGGLUTININ
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: C3W5S1

-
糖 , 3種, 23分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 317分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M MES, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.872→50 Å / Num. obs: 64796 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 56.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.87→3 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RU7

1ru7


解像度: 2.872→24.19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 3085 5.05 %
Rwork0.246 57982 -
obs0.247 61067 91.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.94 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 330.34 Å2 / Biso mean: 81.17 Å2 / Biso min: 16.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.51 Å22.924 Å2-2.521 Å2
2--0.618 Å217.083 Å2
3---4.893 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.872→24.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22867 0 442 317 23626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97132453
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6068661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8716-2.91640.3783850.32541567X-RAY DIFFRACTION57
2.9164-2.96410.36681160.31792233X-RAY DIFFRACTION77
2.9641-3.01510.35271270.31522338X-RAY DIFFRACTION80
3.0151-3.06990.32851050.3172389X-RAY DIFFRACTION84
3.0699-3.12880.33021230.29332541X-RAY DIFFRACTION86
3.1288-3.19250.32731470.29532503X-RAY DIFFRACTION88
3.1925-3.26180.31231370.29112574X-RAY DIFFRACTION90
3.2618-3.33750.31831320.2842652X-RAY DIFFRACTION91
3.3375-3.42070.30811230.28042670X-RAY DIFFRACTION92
3.4207-3.51290.30911340.27822697X-RAY DIFFRACTION93
3.5129-3.6160.30331390.25762745X-RAY DIFFRACTION96
3.616-3.73230.28771620.25682787X-RAY DIFFRACTION97
3.7323-3.86520.24881500.24842823X-RAY DIFFRACTION97
3.8652-4.01920.27721370.24522787X-RAY DIFFRACTION97
4.0192-4.20130.25461730.2342737X-RAY DIFFRACTION97
4.2013-4.42150.24941540.22472915X-RAY DIFFRACTION99
4.4215-4.69660.25431510.2052788X-RAY DIFFRACTION98
4.6966-5.05620.26181480.21962862X-RAY DIFFRACTION99
5.0562-5.55940.23041800.20892826X-RAY DIFFRACTION99
5.5594-6.35120.26471720.2392821X-RAY DIFFRACTION99
6.3512-7.95420.26021400.22982883X-RAY DIFFRACTION100
7.9542-24.1880.1941500.19962844X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.2272 Å / Origin y: -28.1217 Å / Origin z: -32.6646 Å
111213212223313233
T0.1288 Å20.0127 Å2-0.0565 Å2-0.1607 Å20.009 Å2--0.1165 Å2
L0.2871 °20.1286 °2-0.1928 °2-0.2431 °2-0.0709 °2--0.1527 °2
S0.0345 Å °-0.0095 Å °-0.012 Å °0.0208 Å °-0.0623 Å °-0.1407 Å °-0.0011 Å °-0.0542 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA7 - 370
2X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 307
3X-RAY DIFFRACTION1ALLC7 - 371
4X-RAY DIFFRACTION1ALLD1 - 265
5X-RAY DIFFRACTION1ALLE7 - 364
6X-RAY DIFFRACTION1ALLF2 - 284
7X-RAY DIFFRACTION1ALLG7 - 378
8X-RAY DIFFRACTION1ALLH1 - 277
9X-RAY DIFFRACTION1ALLI7 - 371
10X-RAY DIFFRACTION1ALLJ1 - 319
11X-RAY DIFFRACTION1ALLK7 - 369
12X-RAY DIFFRACTION1ALLL2 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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