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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zpp | ||||||
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タイトル | Neutron crystal structure of cubic insulin at pD9 | ||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE (ホルモン) / CUBIC / PORCINE INSULIN / Carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) / Cleavage on pair of basic residues / Glucose metabolism (炭水化物代謝) / Secreted (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine ...Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / positive regulation of lipoprotein lipase activity / lactate biosynthetic process / lipoprotein biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / COPI-mediated anterograde transport / lipid biosynthetic process / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / fatty acid homeostasis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of protein autophosphorylation / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of DNA replication / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / wound healing / insulin receptor binding / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / vasodilation / positive regulation of protein localization to nucleus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / insulin receptor signaling pathway / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ishikawa, T. / Tanaka, I. / Niimura, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008 タイトル: An abnormal pK(a) value of internal histidine of the insulin molecule revealed by neutron crystallographic analysis 著者: Ishikawa, T. / Chatake, T. / Morimoto, Y. / Maeda, M. / Kurihara, K. / Tanaka, I. / Niimura, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zpp.cif.gz | 30.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zpp.ent.gz | 21.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zpp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/2zpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/2zpp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1b2gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P01315 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: Pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P01315 |
#3: 化合物 | ChemComp-DOD / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 9 詳細: 0.2M sodium phosphate, 10mM 3NaEDTA, pH 9.0, MICRODIALYSIS, temperature 298K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: NUCLEAR REACTOR / タイプ: その他 / 波長: 2.9 Å |
検出器 | タイプ: BIX-3 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月22日 |
放射 | モノクロメーター: ELLASTICALLY BENT SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→80 Å / Num. all: 3789 / Num. obs: 3747 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.72 / Num. unique all: 368 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1B2G 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 | タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.008 |