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- PDB-2z65: Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z65
タイトルCrystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex
要素
  • Lymphocyte antigen 96リンパ球抗原96
  • Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor BToll様受容体
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TLR4 (TLR4) / toll-like receptor (Toll様受容体) / MD-2 / LPS / E5564 / eritoran (エリトラン) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immune response (免疫応答) / Inflammatory response (炎症) / Innate immunity (自然免疫系) / Leucine-rich repeat (ロイシンリッチリピート) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Secreted (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / detection of fungus / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / lipopolysaccharide receptor complex / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / detection of lipopolysaccharide ...nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / detection of fungus / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / lipopolysaccharide immune receptor activity / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / lipopolysaccharide receptor complex / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production / intestinal epithelial structure maintenance / MyD88-independent TLR4 cascade / negative regulation of interleukin-23 production / TRIF-mediated programmed cell death / I-kappaB phosphorylation / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / wound healing involved in inflammatory response / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / B cell proliferation involved in immune response / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / positive regulation of interleukin-1 production / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / マクロファージ / Regulation of TLR by endogenous ligand / microglia differentiation / astrocyte development / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage activation / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / NADP+ nucleosidase activity / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet activation / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / Toll様受容体 / phagocytic cup / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / T-helper 1 type immune response / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to lipoteichoic acid / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular defense response / coreceptor activity / 食作用 / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / ERK1 and ERK2 cascade / ruffle / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / nitric oxide biosynthetic process / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / lipopolysaccharide binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of JNK cascade / Heme signaling / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of inflammatory response / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / signaling receptor activity / 遺伝子発現 / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / amyloid-beta binding
類似検索 - 分子機能
リンパ球抗原96 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll様受容体 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 ...リンパ球抗原96 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll様受容体 / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Alpha-Beta Horseshoe / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E55 / TLR4 / Variable lymphocyte receptor B / リンパ球抗原96
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lee, J.-O. / Kim, H.M. / Park, B.S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the TLR4-MD-2 Complex with Bound Endotoxin Antagonist Eritoran
著者: Kim, H.M. / Park, B.S. / Kim, J.-I. / Kim, S.E. / Lee, J. / Oh, S.C. / Enkhbayar, P. / Matsushima, N. / Lee, H. / Yoo, O.J. / Lee, J.-O.
履歴
登録2007年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
B: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
C: Lymphocyte antigen 96
D: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,97312
ポリマ－94,6534
非ポリマー4,3208
水2,936163
1
A: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1714
ポリマ－31,1421
非ポリマー1,0293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8054
ポリマ－31,1421
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4982
ポリマ－16,1851
非ポリマー1,3141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4982
ポリマ－16,1851
非ポリマー1,3141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.192, 80.987, 107.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13C
23D
14C
24D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROAA27 - 3021 - 276
21GLUGLUPROPROBB27 - 3021 - 276
12GLNGLNGLYGLYCC19 - 1231 - 105
22GLNGLNGLYGLYDD19 - 1231 - 105
13LYSLYSASNASNCC128 - 158110 - 140
23LYSLYSASNASNDD128 - 158110 - 140
14E55E55E55E55CK1
24E55E55E55E55DL1

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Toll-like receptor 4, Variable lymphocyte receptor B / Toll様受容体 / E5564, commercial name eritoran / hToll / CD284 antigen(human)


分子量: 31141.719 Da / 分子数: 2
断片: TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: TLR4, VLRB.61 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: O00206, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質 Lymphocyte antigen 96 / リンパ球抗原96 / MD-2 protein / ESOP-1


分子量: 16184.761 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MD-2 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9Y6Y9

-
糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 165分子

#5: 化合物 ChemComp-E55 / 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / E5564 / ERITORAN / エリトラン / エリトラン


分子量: 1313.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C66H126N2O19P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細POLYSACCHARIDES WERE ORIGINALLY ASSIGNED TO CHAINS M1401, M(1301-1304), M1201, N1401, N1301, AND ...POLYSACCHARIDES WERE ORIGINALLY ASSIGNED TO CHAINS M1401, M(1301-1304), M1201, N1401, N1301, AND N1201, RESPECTIVELY.
配列の詳細THIS CONSTRUCT INCLUDES A LINKER THAT CONSIST OF 229TH LYS AND 230TH GLU.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 30860 / Num. obs: 27898 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.089

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z62, 2Z64

2z62

2z64


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 33.68 / SU ML: 0.35 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28874 1462 5 %RANDOM
Rwork0.23763 ---
obs0.2403 27898 92.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å20 Å2-1.93 Å2
2---2.26 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6646 0 287 163 7096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3932.0239614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5845828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.44224.899298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.508151222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7371526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.23101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.24715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6581.54282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.22826788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.76933129
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.9054.52826
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2189tight positional0.050.05
21C855tight positional0.030.05
31C245tight positional0.040.05
42A89tight positional0.040.05
11A2189tight thermal0.830.5
21C855tight thermal0.750.5
31C245tight thermal0.750.5
42A89tight thermal1.360.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 81 -
Rwork0.331 1582 -
obs--74.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.649-0.0828-0.29611.2047-1.30796.05210.0597-0.102-0.16460.18470.06870.01390.3559-0.2484-0.1284-0.09930.05510.0214-0.12950.0065-0.104822.63325.14132.1018
24.52340.97920.60256.68850.10963.47970.1359-0.066-0.11060.3325-0.0328-0.8884-0.06410.432-0.10310.08340.0835-0.08580.0066-0.0398-0.101546.627323.901839.4335
35.0762-1.32562.53331.6285-0.73812.4088-0.13-0.23850.29970.22730.02920.2098-0.2603-0.12780.1008-0.18870.03740.1019-0.16850.0053-0.106414.0299-32.191818.2252
42.96850.1268-0.60076.73941.256.4958-0.10250.1087-0.1935-0.79510.1712-0.2592-0.03250.225-0.0687-0.2172-0.02820.0236-0.17260.0367-0.049620.0682-50.623-6.462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 3021 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2CC19 - 1581 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3BB27 - 3021 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4DD19 - 1581 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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