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- PDB-2yn8: ephB4 kinase domain inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yn8
タイトルephB4 kinase domain inhibitor complex
要素EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 4
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / UNPHOSPHORYLATED
機能・相同性
機能・相同性情報


ephrin receptor activity / cell migration involved in sprouting angiogenesis / EPH-Ephrin signaling / Ephrin signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / heart morphogenesis / EPHB-mediated forward signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / 受容体型チロシンキナーゼ ...ephrin receptor activity / cell migration involved in sprouting angiogenesis / EPH-Ephrin signaling / Ephrin signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / heart morphogenesis / EPHB-mediated forward signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / 受容体型チロシンキナーゼ / 血管新生 / protein autophosphorylation / receptor complex / 細胞接着 / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-B receptor 4, ligand binding domain / EPH-B4, SAM domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain ...Ephrin type-B receptor 4, ligand binding domain / EPH-B4, SAM domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スタウロスポリン / Ephrin type-B receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Read, J. / Brassington, C.A. / Overmann, R.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2013
タイトル: Stability and Solubility Engineering of the Ephb4 Tyrosine Kinase Catalytic Domain Using a Rationally Designed Synthetic Library.
著者: Overman, R.C. / Green, I. / Truman, C.M. / Read, J.A. / Embrey, K.J. / Mcalister, M.S.B. / Attwood, T.K.
履歴
登録2012年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 4
B: EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9964
ポリマ－67,0632
非ポリマー9332
水7,548419
1
A: EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9982
ポリマ－33,5311
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9982
ポリマ－33,5311
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.635, 89.527, 81.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 4 / HEPATOMA TRANSMEMBRANE KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE TYRO11


分子量: 33531.316 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 598-892 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54760, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→89.53 Å / Num. obs: 40603 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.11→2.23 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→30.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9077 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8735 / SU R Cruickshank DPI: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 2041 5.03 %RANDOM
Rwork0.1952 ---
obs0.1972 40600 98.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1597 Å20 Å2-2.3332 Å2
2---8.3851 Å20 Å2
3---6.2254 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→30.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4005 0 70 419 4494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014173HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.075676HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1441SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes597HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4173HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.96
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion544SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5289SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 124 4.46 %
Rwork0.2141 2656 -
all0.2157 2780 -
obs--98.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6717-0.19360.24690.4075-0.21641.2035-0.03260.00380.0750.04470.00850.031-0.0045-0.15080.0241-0.0293-0.0052-0.00830.0175-0.00450.027611.7568-1.8614-20.6149
20.92220.379-0.32390.5545-0.30651.5059-0.0479-0.0352-0.094-0.0443-0.010.0140.0557-0.10870.058-0.02390.01160.0090.0013-0.00280.025118.61621.877620.6361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 608-888
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 608-888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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