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- PDB-6det: The crystal structure of Tv2483 bound to L-arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6det
タイトルThe crystal structure of Tv2483 bound to L-arginine
要素Tv2483
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / amino-acid-binding protein / ligand-binding protein
機能・相同性Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ARGININE / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Treponema vincentii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Norgard, M.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI056305 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Biophysical insights into a highly selective l-arginine-binding lipoprotein of a pathogenic treponeme.
著者: Deka, R.K. / Liu, W.Z. / Tso, S.C. / Norgard, M.V. / Brautigam, C.A.
履歴
登録2018年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tv2483
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3722
ポリマ－30,1971
非ポリマー1751
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, assembly determined using analytical ultracentrifugation in sedimentation velocity mode.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.586, 130.436, 48.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-628-

HOH

21A-640-

HOH

31A-674-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tv2483


分子量: 30197.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema vincentii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S3MDF0
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (v/v) isopropanol, 20% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97953 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→81.6 Å / Num. obs: 33458 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.75→42.002 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 1667 5.06 %
Rwork0.1767 --
obs0.1779 32941 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 12 100 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9762690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8681194
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7504-1.80190.27561100.24262306X-RAY DIFFRACTION87
1.8019-1.86010.27111430.22882476X-RAY DIFFRACTION93
1.8601-1.92660.27971240.22222549X-RAY DIFFRACTION96
1.9266-2.00370.22711350.2042640X-RAY DIFFRACTION98
2.0037-2.09490.22011570.19432602X-RAY DIFFRACTION98
2.0949-2.20540.241310.18752549X-RAY DIFFRACTION94
2.2054-2.34350.20931590.18082649X-RAY DIFFRACTION99
2.3435-2.52440.19571400.18232676X-RAY DIFFRACTION99
2.5244-2.77840.20741510.18872676X-RAY DIFFRACTION99
2.7784-3.18040.22721240.19312594X-RAY DIFFRACTION95
3.1804-4.00640.19791430.17382761X-RAY DIFFRACTION100
4.0064-42.01390.15841500.14852796X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.80.0915-0.75871.55940.01751.141-0.4020.2161-0.3354-0.21080.0813-0.23510.25650.02820.31510.3734-0.0250.16150.2789-0.07250.471836.615911.24241.0306
25.3411.4187-2.24845.6236-1.94381.4623-0.17570.6122-0.4281-0.63770.15540.09230.10460.011-0.00880.3822-0.05080.08060.3359-0.12030.294928.665612.9366-6.8868
33.01810.2383-0.86862.7761-0.12992.2832-0.3018-0.0872-0.5227-0.00950.0181-0.26540.23920.09650.29390.2697-0.00530.10870.2333-0.01480.332733.435312.14988.7379
44.15730.5707-1.44893.3485-1.4783.8851-0.2233-0.421-0.17850.30120.30170.319-0.0721-0.4888-0.02480.29060.04020.12450.3975-0.00650.355210.532515.501317.3711
59.1598-0.413-6.49522.8202-2.35649.35660.0101-1.43420.02590.91470.16350.6332-0.07250.75530.0220.3417-0.01430.16360.5582-0.00840.504413.153312.401223.7443
65.56360.8286-1.19431.83030.05641.9832-0.01050.2594-0.45960.0626-0.11560.34730.1023-0.49980.1060.2862-0.01860.08040.335-0.07320.337715.087614.64649.3509
72.28920.04150.39841.5621-0.12871.7217-0.02580.368-0.1785-0.33160.0364-0.1092-0.01530.10680.03470.3712-0.06330.06530.3169-0.0660.297832.038523.852-3.8431
85.63840.11193.48519.1581.89369.0946-0.3613-0.102-0.0540.31760.2225-0.4617-0.22-0.13290.02340.2925-0.01680.00150.2361-0.01650.230127.379629.78172.5982
93.89472.5707-1.62324.69290.13993.6775-0.6918-0.0063-0.9086-0.15880.0570.04690.57610.43240.64370.3766-0.07580.12260.355-0.04080.329523.115712.34219.8254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 154 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 155 through 207 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 208 through 235 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 236 through 246 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 500 through 500 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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