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- PDB-2x8e: Discovery of a Novel Class of triazolones as Checkpoint Kinase In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x8e
タイトルDiscovery of a Novel Class of triazolones as Checkpoint Kinase Inhibitors - Hit to Lead Exploration
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / NUCLEOTIDE-BINDING / CYTOSKELETON (細胞骨格) / PHOSPHOPROTEIN / ISOPEPTIDE BOND / CELL CYCLE (細胞周期) / DNA DAMAGE (DNA修復) / DNA REPAIR (DNA修復)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of mitotic centrosome separation / nucleus organization / inner cell mass cell proliferation / negative regulation of gene expression, epigenetic ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of mitotic centrosome separation / nucleus organization / inner cell mass cell proliferation / negative regulation of gene expression, epigenetic / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / ヘイフリック限界 / Activation of ATR in response to replication stress / positive regulation of cell cycle / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / signal transduction in response to DNA damage / DNA複製 / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / Signaling by SCF-KIT / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA複製 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / クロマチンリモデリング / protein domain specific binding / protein phosphorylation / DNA修復 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / protein-containing complex / extracellular space / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X8E / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Read, J.A. / Breed, J. / Haye, H. / McCall, E. / Rowsell, S. / Vallentine, A. / White, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Discovery of a Novel Class of Triazolones as Checkpoint Kinase Inhibitors-Hit to Lead Exploration.
著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Ezhuthachan, J. / Haye, H. / Horn, C. / Janetka, J. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Otterbien, L. / Pass, M. / Read, J.A. / Roswell, S. ...著者: Oza, V. / Ashwell, S. / Brassil, P. / Breed, J. / Deng, C. / Ezhuthachan, J. / Haye, H. / Horn, C. / Janetka, J. / Lyne, P. / Newcombe, N. / Otterbien, L. / Pass, M. / Read, J.A. / Roswell, S. / Su, M. / Toader, D. / Yu, D. / Yu, Y. / Valentine, A. / Webborn, P. / White, A. / Zabludoff, S. / Zheng, X.
履歴
登録2010年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3094
ポリマ－31,8411
非ポリマー4683
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.055, 65.858, 54.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK1 / CHK1 CHECKPOINT KINASE


分子量: 31840.738 Da / 分子数: 1 / 断片: CHK1KD, RESIDUES 1-276 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-X8E / 5-METHYL-8-PYRIDIN-4-YL[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A]QUINOLIN-1(2H)-ONE


分子量: 276.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N4O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP 3UL PLUS 3UL PROTEIN: 7 MG/ML, 25MM TRIS PH7.5, 500MM NACL, 5% GLYCEROL, 5MM DTT, 2MM COMPOUND WELL: 12-16% (W/V) PEG3350, 100-200MM AMMONIUM SULPHATE, 2% (V/V) GLYCEROL AND 100 ...詳細: HANGING DROP 3UL PLUS 3UL PROTEIN: 7 MG/ML, 25MM TRIS PH7.5, 500MM NACL, 5% GLYCEROL, 5MM DTT, 2MM COMPOUND WELL: 12-16% (W/V) PEG3350, 100-200MM AMMONIUM SULPHATE, 2% (V/V) GLYCEROL AND 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8015
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月23日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→16.55 Å / Num. obs: 7559 / % possible obs: 72.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 26.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X8D

2x8d


解像度: 2.5→16.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / SU B: 43.819 / SU ML: 0.471 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30865 372 4.9 %RANDOM
Rwork0.23185 ---
obs0.23547 7187 69.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.33 Å20 Å21.81 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3---2.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→16.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 31 63 2148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.9792904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9333508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7765257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.04224.12497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.20215355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3741513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5161.51293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0791.5517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95122078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2233843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9824.5826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.478 6 -
Rwork0.243 138 -
obs--19.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.7996 Å / Origin y: 0.1203 Å / Origin z: 5.1051 Å
111213212223313233
T-0.0147 Å2-0.0005 Å20.0477 Å2-0.1495 Å2-0.0048 Å2--0.1177 Å2
L0.6384 °20.0791 °20.1592 °2-0.7099 °2-0.115 °2--0.5744 °2
S-0.027 Å °-0.044 Å °-0.008 Å °0.0682 Å °-0.0029 Å °-0.0072 Å °0.0072 Å °0.0035 Å °0.03 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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