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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wwm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Titin M10-Obscurin like 1 Ig complex in space group P1 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX / SARCOMERE / TPR REPEAT / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / TRANSFERASE (転移酵素) / CARDIOMYOPATHY (心筋症) / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3M complex / sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / protein localization to Golgi apparatus / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cytoskeletal anchor activity ...3M complex / sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / protein localization to Golgi apparatus / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cytoskeletal anchor activity / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / M band / actinin binding / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / positive regulation of dendrite morphogenesis / sarcomere organization / structural constituent of muscle / regulation of mitotic nuclear division / Golgi organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / 介在板 / striated muscle contraction / protein kinase A signaling / cardiac muscle contraction / cytoskeleton organization / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / microtubule cytoskeleton organization / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / Neddylation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Gautel, M. / Steiner, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Structural Insight Into M-Band Assembly and Mechanics from the Titin-Obscurin-Like-1 Complex. 著者: Pernigo, S. / Fukuzawa, A. / Bertz, M. / Holt, M. / Rief, M. / Steiner, R.A. / Gautel, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wwm.cif.gz | 93.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wwm.ent.gz | 73.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wwm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/2wwm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11125.619 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-106 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: O75147 #2: タンパク質 | 分子量: 10981.231 Da / 分子数: 2 / 断片: M10, RESIDUES 34252-34350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | INITIAL GSS ARE FROM THE EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: 0.1 M MIB BUFFER PH 5.0, 25% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→36.13 Å / Num. obs: 17094 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 47.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 93.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WP3 解像度: 2.3→35.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 17.898 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.149 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.88 Å
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拘束条件 |
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