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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w8y | ||||||
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タイトル | RU486 bound to the progesterone receptor in a destabilized agonistic conformation | ||||||
要素 | PROGESTERONE RECEPTORプロゲステロン受容体 | ||||||
キーワード | RECEPTOR (受容体) / PROGESTERONE RECEPTOR (プロゲステロン受容体) / RU-486 / MIFEPRISTONE (ミフェプリストン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Raaijmakers, H.C.A. / Versteeg, J. / Uitdehaag, J.C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: The X-Ray Structure of Ru486 Bound to the Progesterone Receptor in a Destabilized Agonistic Conformation. 著者: Raaijmakers, H.C.A. / Versteegh, J. / Uitdehaag, J.C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w8y.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w8y.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w8y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29968.098 Da / 分子数: 2 / 断片: PR LBD, RESIDUES 678-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P06401 |
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-非ポリマー , 5種, 204分子
#2: 化合物 | ChemComp-486 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-NDR / ( |
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | NORETHINDRONE (NDR): ALSO KNOWN AS NORETHISTERONE MIFEPRISTONE (486): RU486, 11BETA-4-N, N- ...NORETHINDR |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.46 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 22.5% PEG4000, 0.1M HEPES 6.5, 100 MM LI2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→47 Å / Num. obs: 45609 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 77.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→69.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.412 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. THE DIMETHYLAMINOREMARK A909. IN REALITY WE PROBABLY OBSERVE THE AVERAGE OF AN ENSEMBLE OF SUBTLY DIFFERENT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. THE DIMETHYLAMINOREMARK A909. IN REALITY WE PROBABLY OBSERVE THE AVERAGE OF AN ENSEMBLE OF SUBTLY DIFFERENT DIMETHYLANILINE AND MET909 ORIENTATIONS, EACH STERICALLY ALLOWED. FOR THE FINAL REFINEMENT I SET THE OCCUPANCY OF M909 SIDECHAIN TO 0, TO IMPROVE THE FIT OF THE DIMETHYLANILINE TO THE ELECTRON DENSITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→69.67 Å
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拘束条件 |
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