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- PDB-4op0: Crystal structure of biotin protein ligase (RV3279C) of Mycobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4op0
タイトルCrystal structure of biotin protein ligase (RV3279C) of Mycobacterium tuberculosis, complexed with biotinyl-5'-AMP
要素BirA bifunctional protein
キーワードLIGASE / BIRA
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / biotin binding / small molecule binding / post-translational protein modification / protein modification process / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. ...Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTINYL-5-AMP / Biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ma, Q. / Wilmanns, M. / Akhter, Y.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Active site conformational changes upon reaction intermediate biotinyl-5'-AMP binding in biotin protein ligase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ma, Q. / Akhter, Y. / Wilmanns, M. / Ehebauer, M.T.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BirA bifunctional protein
B: BirA bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7455
ポリマ－56,5022
非ポリマー1,2433
水6,702372
1
A: BirA bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8252
ポリマ－28,2511
非ポリマー5741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BirA bifunctional protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9213
ポリマ－28,2511
非ポリマー6702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.737, 75.406, 77.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 BirA bifunctional protein / biotin operon repressor + biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] synthetase (Biotin--protein ligase)


分子量: 28251.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: birA, MT3379, Rv3279c / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: P96884, UniProt: I6YFP0*PLUS, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-BT5 / BIOTINYL-5-AMP / ビオチニル5′-AMP


タイプ: RNA linking / 分子量: 573.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N7O9PS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.8, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9762 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月26日
詳細: mirrors: 1: Rh-coated, zerodur, vertical focusing possible, 2: Rh-coated, zerodur, vertically focusing
放射モノクロメーター: fixed exit double crystal Si(111), horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→31.36 Å / Num. obs: 51119 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique all: 7904 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0040精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CGH

2cgh


解像度: 1.7→31.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.687 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2550 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 48546 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å2-0.58 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3776 0 81 372 4229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.995372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0013.0036212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7535511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.50623.165158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58615594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9811543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.22881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.22230
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3240.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2610.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9161.52618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2871.51063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40124053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22731502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1994.51319
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 192 -
Rwork0.236 3516 -
obs-3708 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7521-0.1481-0.13271.4395-0.09930.92070.0255-0.11120.2345-0.05750.0147-0.03-0.16860.0898-0.0402-0.0676-0.02420.0195-0.0495-0.00660.009423.3931.7431.367
21.6305-0.3436-0.69771.1420.23571.93070.07870.080.0481-0.0713-0.01860.1055-0.0074-0.273-0.0601-0.0974-0.0174-0.0044-0.03870.022-0.025713.22-3.1927.149
32.0341.1721-0.81951.9986-0.7071.77860.0444-0.04660.0610.07850.0164-0.0199-0.0121-0.1719-0.0608-0.10550.01330.011-0.0270.00650.00730.395-3.42338.853
42.2155-0.4461-0.66250.50370.47792.34070.0030.08060.1803-0.0125-0.07580.0156-0.2204-0.24020.07280.02990.078-0.0546-0.0682-0.0342-0.0506-24.7873.4568.862
51.50110.1802-0.63840.95330.14932.0103-0.0471-0.1214-0.01110.0297-0.046-0.0137-0.05820.07260.0931-0.03790.0511-0.036-0.1153-0.0068-0.0913-14.81-2.0572.348
60.8994-0.3086-0.5883.26232.18283.1382-0.11410.06240.06240.06010.2215-0.13290.01220.327-0.1074-0.10050.0154-0.0194-0.0820.007-0.0794-1.732-5.98759.412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2A99 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3A194 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5B99 - 200
6X-RAY DIFFRACTION6B201 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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