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- PDB-1pdu: Ligand-binding domain of Drosophila orphan nuclear receptor DHR38 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pdu
タイトルLigand-binding domain of Drosophila orphan nuclear receptor DHR38
要素nuclear hormone receptor HR38
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / nuclear receptor / ligand-binding domain / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


AKT phosphorylates targets in the nucleus / regulation of adult chitin-containing cuticle pigmentation / Nuclear Receptor transcription pathway / cuticle development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / nuclear glucocorticoid receptor binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / transcription regulator complex ...AKT phosphorylates targets in the nucleus / regulation of adult chitin-containing cuticle pigmentation / Nuclear Receptor transcription pathway / cuticle development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / nuclear glucocorticoid receptor binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable nuclear hormone receptor HR38
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Baker, K.D. / Shewchuk, L.M. / Korlova, T. / Makishima, M. / Hassell, A.M. / Wisely, B. / Caravella, J.A. / Lambert, M.H. / Wilson, T.M. / Mangelsdorf, D.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: The Drosophila orphan nuclear receptor DHR38 mediates an atypical ecdysteroid signaling pathway.
著者: Baker, K.D. / Shewchuk, L.M. / Korlova, T. / Makishima, M. / Hassell, A.M. / Wisely, B. / Caravella, J.A. / Lambert, M.H. / Reinking, J.L. / Krause, H. / Thummel, C.S. / Wilson, T.M. / Mangelsdorf, D.J.
履歴
登録2003年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nuclear hormone receptor HR38
B: nuclear hormone receptor HR38


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3592
ポリマ－56,3592
非ポリマー00
水3,081171
1
A: nuclear hormone receptor HR38


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1791
ポリマ－28,1791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: nuclear hormone receptor HR38


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1791
ポリマ－28,1791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.379, 82.231, 84.147
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 nuclear hormone receptor HR38 / dHR38


分子量: 28179.465 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal, ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: HR38 / プラスミド: pRSETA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P49869
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.5 M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12-4 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
3500 mM1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
55 mMdithiothreitol1drop
61 mMnervonic acid1drop
70.1 MHEPES1reservoirpH7.5
81.5 Mlithium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9792, 0.9742, 0.9840
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97421
30.9841
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 24797 / Num. obs: 23421 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Num. unique all: 3013 / % possible all: 82.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 189296 / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic, / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2342 -Random
Rwork0.21 ---
all-24797 --
obs-23421 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3632 0 0 171 3803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0071
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å /
反射数%反射
Rfree343 -
obs3013 82.6 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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