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万見
- PDB-6dda: Nurr1 Covalently Modified by a Dopamine Metabolite -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dda
タイトルNurr1 Covalently Modified by a Dopamine Metabolite
要素(Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nurr1 / Dopamine / Cysteine Adduct / Dihydroxyindole
機能・相同性
機能・相同性情報


general adaptation syndrome / habenula development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system neuron differentiation / central nervous system projection neuron axonogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of dopamine metabolic process / midbrain dopaminergic neuron differentiation / regulation of respiratory gaseous exchange / dopaminergic neuron differentiation ...general adaptation syndrome / habenula development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system neuron differentiation / central nervous system projection neuron axonogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of dopamine metabolic process / midbrain dopaminergic neuron differentiation / regulation of respiratory gaseous exchange / dopaminergic neuron differentiation / neuron maturation / dopamine biosynthetic process / fat cell differentiation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to amphetamine / adult locomotory behavior / post-embryonic development / SUMOylation of intracellular receptors / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / transcription regulator complex / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 5-hydroxy-1,2-dihydro-6H-indol-6-one / : / Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bruning, J.M. / Wang, Y. / Otrabella, F. / Boxue, T. / Liu, H. / Bhattacharya, P. / Guo, S. / Holton, J.M. / Fletterick, R.J. / Jacobson, M.P. / England, P.M.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Covalent Modification and Regulation of the Nuclear Receptor Nurr1 by a Dopamine Metabolite.
著者: Bruning, J.M. / Wang, Y. / Oltrabella, F. / Tian, B. / Kholodar, S.A. / Liu, H. / Bhattacharya, P. / Guo, S. / Holton, J.M. / Fletterick, R.J. / Jacobson, M.P. / England, P.M.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
C: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,24018
ポリマ－92,0383
非ポリマー1,20215
水00
1
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8523
ポリマ－30,6631
非ポリマー1882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2979
ポリマ－30,7111
非ポリマー5868
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0916
ポリマ－30,6631
非ポリマー4285
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.586, 80.586, 225.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 / Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible ...Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible nuclear receptor


分子量: 30663.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A2, NOT, NURR1, TINUR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43354
#2: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 / Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible ...Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible nuclear receptor


分子量: 30711.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A2, NOT, NURR1, TINUR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43354
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-G7J / 5-hydroxy-1,2-dihydro-6H-indol-6-one


分子量: 149.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO2
#5: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM HEPES, 202.9mM potassium bromide, 18.45% PEG 3350
PH範囲: 6.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40.29 Å / Num. obs: 14697 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.2→40.29 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
Rfactor反射数
Rfree0.2945 -
Rwork0.2497 -
obs-14697
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5480 0 45 0 5525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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