+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uul | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of C-phycocyanin from Phormidium, Lyngbya spp. (Marine) and Spirulina sp. (Fresh water) shows two different ways of energy transfer between two hexamers. | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / C-PHYCOCYANIN / PHYCOBILISOME (フィコビリソーム) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / CHROMOPHORE (発色団) / FRESH WATER (淡水) / METHYLATION (メチル化) / BILE PIGMENT (ビリン) / MARINE / LYNGBYA (リングビア属) / SPIRULINA / TRANSPORT / PHORMIDIUM | ||||||
機能・相同性 | フィコシアニン / Globin-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / BILIVERDINE IX ALPHA / フィコシアノビリン 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PHORMIDIUM SP. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Satyanarayana, L. / Patel, A. / Mishra, S. / K Ghosh, P. / Suresh, C.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of C-Phycocyanin from Phormidium, Lyngbya Spp. (Marine) and Spirulina Sp. (Fresh Water) Shows Two Different Ways of Energy Transfer between Twohexamers. 著者: Satyanarayana, L. / Patel, A. / Mishra, S. / Ghosh, P.K. / Suresh, C.G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005 タイトル: X-Ray Crystallographic Studies on C-Phycocyanins from Cyanobacteria from Different Habitats: Marine and Freshwater. 著者: Satyanarayana, L. / Suresh, C.G. / Patel, A. / Mishra, S. / Ghosh, P.K. #2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2005 タイトル: Purification and Charactarization of C-Phycocyanin from Cyanobacterial Species of Marine and Freshwater Habitat. 著者: Patel, A. / Mishra, S. / Pawar, R. / Ghosh, P.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2uul.cif.gz | 739.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2uul.ent.gz | 627.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2uul.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uul | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1gh0S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
|
-要素
-C-PHYCOCYANIN ALPHA ... , 2種, 12分子 AEGIKMOQSUWC
#1: タンパク質 | 分子量: 17318.387 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTEINE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS 由来: (天然) PHORMIDIUM SP. (バクテリア) #3: タンパク質 | | 分子量: 17362.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTEINE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS, RESIDUE 143 IS SER IN CHAIN C WHERE AS IT IS ALA IN OTHER CHAINS 由来: (天然) PHORMIDIUM SP. (バクテリア) |
---|
-C-PHYCOCYANIN BETA ... , 3種, 12分子 BFJLNPRTVXDH
#2: タンパク質 | 分子量: 17827.139 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTEINE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS 由来: (天然) PHORMIDIUM SP. (バクテリア) #4: タンパク質 | | 分子量: 17959.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTEINE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS, RESIDUES 9 AND 10 ARE VAL SER IN THIS CHAIN WHEREAS IT IS ALA ALA IN OTHER CHAINS 由来: (天然) PHORMIDIUM SP. (バクテリア) #5: タンパク質 | | 分子量: 17779.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: PHYCOCYANOBILIN ATTACHED ALFA-84 CYSTEINE RESIDUE AND BETA-82 AND 153 MONOMERS, RESIDUE 74 IS ASP IN THIS CHAIN WHERE AS IT IS TYR IN OTHER CHAINS 由来: (天然) PHORMIDIUM SP. (バクテリア) |
---|
-非ポリマー , 3種, 175分子
#6: 化合物 | ChemComp-CYC / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | THE SPECIES FROM WHICH THE PROTEIN HAS BEEN EXTRACTED IS CURRENTLY UNKNOWN. THIS PDB ENTRY HAS BEEN ...THE SPECIES FROM WHICH THE PROTEIN HAS BEEN EXTRACTED IS CURRENTLY UNKNOWN. THIS PDB ENTRY HAS BEEN MAPPED AGAINST ITSELF. THE ONLY KNOWN FACT IS THE GRANDPAREN |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.01M SODIUM PHOSPHATE PH 6.5, 0.72M SOD. FORMATE, 9%PEG 1K AND 9% PEG 8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40 Å / Num. obs: 82067 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.27 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GH0 解像度: 3.1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 19.91 / SU ML: 0.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.36 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|