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- PDB-2q9p: Human diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1, Mg-F complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q9p
タイトルHuman diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1, Mg-F complex
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DIPHOSPHOINOSITOL POLYPHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE / NUDIX / INOSITOL PYROPHOSPHATE METABOLISM / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity ...diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / RNA decapping / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cell-cell signaling / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フッ化物 / フィチン酸 / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Thorsell, A.G. / Busam, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Thorsell, A.G. / Busam, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Van den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Persson, C. / Hallberg, B.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human diphosphoinositol phosphatase 1.
著者: Thorsell, A.G. / Persson, C. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Busam, R.D. / Hallberg, B.M.
履歴
登録2007年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年10月14日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / struct_conn ...chem_comp / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,03817
ポリマ－22,0561
非ポリマー98316
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.193, 59.444, 62.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked ...DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 3 / Nudix motif 3


分子量: 22055.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Uterus / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / プラスミド: pNIC-BSA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase

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非ポリマー , 5種, 162分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド / フッ化物


分子量: 18.998 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG 8000, 200 mM LiCl, 5 mM MgCl2, 20 mM NaF, 5 mM IP6, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月19日 / 詳細: Helios multilayer mirrors
放射モノクロメーター: Helios multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 20890 / Num. obs: 20848 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
PROTEUM PLUS2データ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2FVV

2fvv


解像度: 1.65→32.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.277 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Structure was determined starting from rigid body refinement of the PDB entry 2FVV with Refmac 5 program. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1067 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.194 20848 --
obs0.194 20813 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 87 146 1343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.9091661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0012.991960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8615139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11223.44361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8115204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6311512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0270.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1880.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0840.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.180.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5911.5873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3571.5276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.76121100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2113615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4694.5561
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 84 -
Rwork0.32 1404 -
obs-1488 98.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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