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- PDB-6wje: Copper resistance protein copG- Form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wje
タイトルCopper resistance protein copG- Form 2
要素(DUF411 domain-containing ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metal resistance copper-binding protein
機能・相同性Protein of unknown function DUF411 / Protein of unknown function, DUF411 / metal ion binding / ACETATE ION / COPPER (II) ION / : / DUF411 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hausrath, A.C. / Ly, A.T. / McEvoy, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079192 米国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The bacterial copper resistance protein CopG contains a cysteine-bridged tetranuclear copper cluster.
著者: Hausrath, A.C. / Ramirez, N.A. / Ly, A.T. / McEvoy, M.M.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Copper resistance protein copG- Form 2
著者: Hausrath, A.C. / Ly, A.T. / McEvoy, M.M.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle ...citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF411 domain-containing protein
B: DUF411 domain-containing protein
C: DUF411 domain-containing protein
D: DUF411 domain-containing protein
E: DUF411 domain-containing protein
F: DUF411 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,25164
ポリマ－80,5146
非ポリマー3,73758
水2,288127
1
A: DUF411 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,11612
ポリマ－13,4081
非ポリマー70811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DUF411 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9269
ポリマ－13,4081
非ポリマー5188
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DUF411 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,20913
ポリマ－13,4401
非ポリマー76912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DUF411 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,08211
ポリマ－13,4401
非ポリマー64210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: DUF411 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,05711
ポリマ－13,4081
非ポリマー64910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: DUF411 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8618
ポリマ－13,4081
非ポリマー4527
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.700, 87.460, 143.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 1 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 1 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 1 and (name N or name...
51(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...
61(chain F and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA11
12GLUGLUHOHHOH(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - MB1 - 3061
13GLUGLUHOHHOH(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - MB1 - 3061
14GLUGLUHOHHOH(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - MB1 - 3061
15GLUGLUHOHHOH(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - MB1 - 3061
21GLUGLUGLUGLU(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB11
22GLUGLUHOHHOH(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB - NB1 - 3061
23GLUGLUHOHHOH(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB - NB1 - 3061
24GLUGLUHOHHOH(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB - NB1 - 3061
25GLUGLUHOHHOH(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB - NB1 - 3061
31GLUGLUGLUGLU(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC11
32GLUGLUHOHHOH(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC - OB1 - 3061
33GLUGLUHOHHOH(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC - OB1 - 3061
34GLUGLUHOHHOH(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC - OB1 - 3061
35GLUGLUHOHHOH(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC - OB1 - 3061
41GLUGLUGLUGLU(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD11
42GLUGLUHOHHOH(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - PB1 - 3061
43GLUGLUHOHHOH(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - PB1 - 3061
44GLUGLUHOHHOH(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - PB1 - 3061
45GLUGLUHOHHOH(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD - PB1 - 3061
51GLUGLUASNASN(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...EE1 - 121 - 12
52GLYGLYCYSCYS(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...EE14 - 1514 - 15
53LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...EE1717
54GLUGLUHOHHOH(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...EE - QB1 - 3061
55GLUGLUHOHHOH(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...EE - QB1 - 3061
56GLUGLUHOHHOH(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...EE - QB1 - 3061
57GLUGLUHOHHOH(chain E and (resid 1 through 12 or resid 14...EE - QB1 - 3061
61GLUGLUGLUGLU(chain F and ((resid 1 and (name N or name...FF11
62GLUGLUHOHHOH(chain F and ((resid 1 and (name N or name...FF - RB1 - 3061
63GLUGLUHOHHOH(chain F and ((resid 1 and (name N or name...FF - RB1 - 3061
64GLUGLUHOHHOH(chain F and ((resid 1 and (name N or name...FF - RB1 - 3061
65GLUGLUHOHHOH(chain F and ((resid 1 and (name N or name...FF - RB1 - 3061

-
要素

-
DUF411 domain-containing ... , 2種, 6分子 ABEFCD

#1: タンパク質
DUF411 domain-containing protein


分子量: 13408.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: FQ758_25220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C0YHL7, UniProt: Q9HV84*PLUS
#2: タンパク質 DUF411 domain-containing protein


分子量: 13440.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: FQ758_25220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5C0YHL7, UniProt: Q9HV84*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 185分子

#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM Na Cacodylate pH 6.8 200 mM Zn Acetate 19% ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→55.42 Å / Num. obs: 28435 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.62 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 8.93
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.566

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3724精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WIS

6wis


解像度: 2.5→55.42 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 2842 10.02 %
Rwork0.1881 25532 -
obs0.1938 28374 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.91 Å2 / Biso mean: 53.5931 Å2 / Biso min: 24.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→55.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5450 0 67 127 5644
Biso mean--65.08 53.26 -
残基数----754
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2088X-RAY DIFFRACTION3.142TORSIONAL
12B2088X-RAY DIFFRACTION3.142TORSIONAL
13C2088X-RAY DIFFRACTION3.142TORSIONAL
14D2088X-RAY DIFFRACTION3.142TORSIONAL
15E2088X-RAY DIFFRACTION3.142TORSIONAL
16F2088X-RAY DIFFRACTION3.142TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.540.29571390.24371252139199
2.54-2.590.34981400.24212511391100
2.59-2.640.29221400.232512591399100
2.64-2.690.30371390.224612511390100
2.69-2.750.30241410.223212681409100
2.75-2.820.3041390.21412491388100
2.82-2.890.25341410.212661407100
2.89-2.960.26591390.194112491388100
2.96-3.050.31491410.212801421100
3.05-3.150.27831400.199712581398100
3.15-3.260.2761410.19712631404100
3.26-3.390.25781400.202512701410100
3.39-3.550.2211410.182312641405100
3.55-3.730.24911430.17071291143499
3.73-3.970.21141430.171212781421100
3.97-4.270.23971410.160112711412100
4.27-4.70.20121440.1612941438100
4.7-5.380.2291460.182113101456100
5.39-6.780.26031470.20713141461100
6.78-55.420.21491570.186713941551100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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