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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p49 | ||||||
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タイトル | Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNASE A at 1.4A resolution: native mono_1 crystal form | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / CAMELID SINGLE-DOMAIN ANTIBODY / VHH / CAB-RN05 / RNASE A / PARATOPE (パラトープ) / YEAST SURFACE DISPLAY / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / immunoglobulin complex / RNA nuclease activity / 獲得免疫系 / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Tereshko, V. / Uysal, S. / Margalef, K. / Koide, A. / Kossiakoff, A.A. / Koide, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Exploring the capacity of minimalist protein interfaces: interface energetics and affinity maturation to picomolar KD of a single-domain antibody with a flat paratope. 著者: Koide, A. / Tereshko, V. / Uysal, S. / Margalef, K. / Kossiakoff, A.A. / Koide, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF VHH ANTIBODY IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF VHH ANTIBODY IS NOT AVAILABLE AT THE UNP SEQUENCE DATABASE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p49.cif.gz | 69.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p49.ent.gz | 50 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p49.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p49 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ONE VHH-RNASE A COMPLEX. EACH COMPLEX CONSISTS OF TWO CHAINS, A AND B, AND REPRESENTS ONE BIOLOGICAL UNIT. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 抗体 | 分子量: 13104.465 Da / 分子数: 1 / Fragment: TRUNCATED AT RESIDUE 121 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2KD57*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.67 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: HAMPTON RESEARCH INDEX SCREEN, SOLUTION #85: MGCL2, PEG 3350, TRIS BUFFER PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→20 Å / Num. all: 38187 / Num. obs: 38187 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 56.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 13.5 % / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1bzq 解像度: 1.38→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.799 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.874 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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