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万見
- PDB-2lal: CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT AT 2.3 ANGSTROMS R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lal
タイトルCRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION OF THE LENTIL LECTIN
要素(LENTIL LECTIN ...) x 2
キーワードLECTIN (レクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate mediated signaling / D-mannose binding / manganese ion binding / carbohydrate binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / レクチン
類似検索 - 構成要素
生物種Lens culinaris (レンズマメ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Loris, R. / Steyaert, J. / Maes, D. / Lisgarten, J. / Pickersgill, R. / Wyns, L.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1994
タイトル: Structural analysis of two crystal forms of lentil lectin at 1.8 A resolution.
著者: Loris, R. / Van Overberge, D. / Dao-Thi, M.H. / Poortmans, F. / Maene, N. / Wyns, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Two Crystal Forms of the Lentil Lectin Diffract to High Resolution
著者: Loris, R. / Lisgarten, J. / Maes, D. / Pickersgill, R. / Korber, F. / Reynolds, C. / Wyns, L.
履歴
登録1993年6月10日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LENTIL LECTIN (ALPHA CHAIN)
B: LENTIL LECTIN (BETA CHAIN)
C: LENTIL LECTIN (ALPHA CHAIN)
D: LENTIL LECTIN (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,62310
ポリマ－51,2434
非ポリマー3806
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18000 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.810, 125.470, 56.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: THE PEPTIDE BOND BETWEEN ALA A 80 AND ASP A 81 AND THE PEPTIDE BOND BETWEEN ALA C 80 AND ASP C 81 ARE BOTH IN THE CIS CONFORMATION.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999971, 0.004373, -0.006242), (0.004401, -0.99998, 0.004515), (-0.006222, -0.004542, -0.99997)
ベクター: 0.05748, 107.62639, 113.39713)

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要素

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LENTIL LECTIN ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 LENTIL LECTIN (ALPHA CHAIN)


分子量: 19906.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lens culinaris (レンズマメ) / 器官: SEED種子 / 参照: UniProt: P02870
#2: タンパク質 LENTIL LECTIN (BETA CHAIN)


分子量: 5714.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lens culinaris (レンズマメ) / 器官: SEED種子 / 参照: UniProt: P02870

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非ポリマー , 4種, 221分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細EACH MONOMER HAS A BOUND CALCIUM, MANGANESE AMD PHOSPHATE ION. THE CALCIUM AND MANGANESE IONS ARE ...EACH MONOMER HAS A BOUND CALCIUM, MANGANESE AMD PHOSPHATE ION. THE CALCIUM AND MANGANESE IONS ARE ESSENTIAL FOR STABILIZING AN UNUSUAL ALA-ASP CIS PEPTIDE BOND THAT IS AN ESSENTIAL FEATURE OF THE CARBOHYDRATE RECOGNITION SITE OF THIS LECTIN. THE PHOSPHATE IS BOUND IN THE CARBOHYDRATE RECOGNITION SITE. THESE SITES ARE PRESENTED ON *SITE* RECORDS BELOW.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13 mg/mllentil lectin11
220 mMphosphate11
320 mMacetate11
435-40 %(v/v)MPD12

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 39656 / % possible obs: 75.5 % / Num. measured all: 108765 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.1 % / Rmerge(I) obs: 0.238

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解析

ソフトウェア名称: RESTRAIN / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.189 / 最高解像度: 1.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3550 0 14 215 3779
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.033
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_plane_restr / Dev ideal: 0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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