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- PDB-5eyx: Monoclinic Form of Centrolobium tomentosum seed lectin (CTL) comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eyx
タイトルMonoclinic Form of Centrolobium tomentosum seed lectin (CTL) complexed with Man1-3Man-OMe.
要素Centrolobium tomentosum lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Centrolobium tomentosum / Dalbergieae / Methyl Dimannoside / CTL
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mannose/glucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Centrolobium tomentosum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Almeida, A.C. / Osterne, V.J.S. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Silva-Filho, J.C. / Lossio, C.F. / Almeida, R.P.H. / Teixeira, C.S. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. ...Almeida, A.C. / Osterne, V.J.S. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Silva-Filho, J.C. / Lossio, C.F. / Almeida, R.P.H. / Teixeira, C.S. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Santiago, K.S. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of Centrolobium tomentosum seed lectin with inflammatory activity.
著者: Almeida, A.C. / Osterne, V.J. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Silva-Filho, J.C. / Lossio, C.F. / Nascimento, F.L. / Almeida, R.P. / Teixeira, C.S. / Leal, R.B. / Delatorre, P. / ...著者: Almeida, A.C. / Osterne, V.J. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Silva-Filho, J.C. / Lossio, C.F. / Nascimento, F.L. / Almeida, R.P. / Teixeira, C.S. / Leal, R.B. / Delatorre, P. / Rocha, B.A. / Assreuy, A.M. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
履歴
登録2015年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrolobium tomentosum lectin
B: Centrolobium tomentosum lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,50910
ポリマ－54,1642
非ポリマー1,3458
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)145.840, 41.550, 94.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Centrolobium tomentosum lectin


分子量: 27081.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Centrolobium tomentosum (マメ科) / 参照: UniProt: C0HJX1*PLUS

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-methyl alpha-D-mannopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 356.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManp[1Me]a1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 313分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Peg 8000, 2-pentanediol, Hepes sodium. / PH範囲: 7.0-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.47 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.47 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.22 Å / Num. all: 26369 / Num. obs: 26369 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.56 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 91499
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRsym value% possible all
2.25-2.373.30.4193.71213836390.8730.0260.03893.6
7.12-46.223.40.03818.530939140.9990.0280.04599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.25→35.917 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 1296 4.93 %
Rwork0.1858 25018 -
obs0.1883 26314 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.78 Å2 / Biso mean: 21.5706 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→35.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3755 0 80 309 4144
Biso mean--29.22 25.57 -
残基数----480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1595370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4891366
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.34010.31681330.26242588272193
2.3401-2.44660.28821500.20372710286096
2.4466-2.57550.24911330.20022720285398
2.5755-2.73680.26721430.19692784292799
2.7368-2.94810.2721420.197528192961100
2.9481-3.24460.25731600.189827972957100
3.2446-3.71360.24511370.19812822295999
3.7136-4.67720.19081420.15392841298399
4.6772-35.92130.17991560.158529373093100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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