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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i5l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacillus subtilis Cold Shock Protein variant Bs-CspB M1R/E3K/K65I | ||||||
要素 | Cold shock protein cspBCold shock response | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / oligonucleotide/oligosaccharide binding fold / cold shock domain / beta-barrel (Βバレル) / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) / expression regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Max, K.E.A. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Optimized variants of the cold shock protein from in vitro selection: structural basis of their high thermostability. 著者: Max, K.E. / Wunderlich, M. / Roske, Y. / Schmid, F.X. / Heinemann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i5l.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i5l.ent.gz | 15.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i5l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7382.168 Da / 分子数: 1 / 変異: M1R, E3K, K65I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: cspB, cspA / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P32081 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 3 mM magnesium chloride, 20.4 mg/ml protein. crystallization buffer: 25 % PEG 3350, 0.2 M sodium carbonate, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5. ...詳細: protein solution: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 3 mM magnesium chloride, 20.4 mg/ml protein. crystallization buffer: 25 % PEG 3350, 0.2 M sodium carbonate, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5. crystallization setup: 0.8 microliter protein solution:0.8 microliter reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double-crystal monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→19.2 Å / Num. all: 3258 / Num. obs: 3223 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.72 % / Biso Wilson estimate: 49.578 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 20.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 9.36 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured obs: 3288 / Num. unique all: 351 / % possible all: 98.6 |
-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 0.382 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.684 / Cor.coef. Io to Ic: 0.717
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1CSQ 解像度: 2.55→18.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 9.525 / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.449 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.27 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→18.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
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