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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c1m | ||||||
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タイトル | Nup50:importin-alpha complex | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT/MEMBRANE PROTEIN / NUCLEAR TRANSPORT-COMPLEX / IMPORTIN-ALPHA / NUCLEOPORIN NUP50 / NUCLEAR TRANSPORT-COMPLEX NUP50 / NUCLEAR PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT-MEMBRANE PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response ...Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / snRNP Assembly / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / neural tube formation / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / 宿主 / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / mRNA transport / 核膜孔 / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / histone deacetylase binding / 核膜 / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Matsuura, Y. / Stewart, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2005 タイトル: Nup50/Npap60 Function in Nuclear Protein Import Complex Disassembly and Importin Recycling. 著者: Matsuura, Y. / Stewart, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c1m.cif.gz | 103.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c1m.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/2c1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/2c1m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45985.676 Da / 分子数: 1 / 断片: DELTA IBB, RESIDUES 75-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5439.141 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-46 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JIH2 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | IMPORTIN-ALPHA2 SUBUNIT: INVOLVED IN NUCLEAR PROTEIN IMPORT AS AN ADAPTER PROTEIN FOR NUCLEAR ...IMPORTIN-ALPHA2 SUBUNIT: INVOLVED IN NUCLEAR PROTEIN IMPORT AS AN ADAPTER PROTEIN FOR NUCLEAR RECEPTOR KPNB1. NUCLEOPORI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 % / 解説: COMPLETE DETAILS GIVEN IN PUBLICATION |
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結晶化 | 詳細: DETAILS GIVEN IN PUBLICATION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.933 |
検出器 | 日付: 2004年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 27445 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1IAL 解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: FOR DETAILS SEE PUBLICATION
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溶媒の処理 | Bsol: 32.2152 Å2 / ksol: 0.332386 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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