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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zc2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of plasmid-encoded class C beta-lactamase CMY-2 complexed with citrate molecule | ||||||
要素 | beta-lactamase class C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-lactamase cephalosporinase / AMPC-type / serine hydrolase / citrate (クエン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Bauvois, C. / Jacquamet, L. / Fieulaine, S. / Frere, J.-M. / Galleni, M. / Ferrer, J.-L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystallographic structure of plasmid-encoded CMY-2 beta-lactamase revealed citrate molecule in the active site. 著者: Bauvois, C. / Jacquamet, L. / Fieulaine, S. / Frere, J.-M. / Galleni, M. / Ferrer, J.-L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zc2.cif.gz | 157.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zc2.ent.gz | 124.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/1zc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/1zc2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39896.492 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-361 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla CMY-2 / プラスミド: pET26b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q48434, Β-ラクタマーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: citric acid 0.1M, PEG 6000 30 % w/v, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979565 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月4日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979565 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→43.85 Å / Num. all: 44320 / Num. obs: 43482 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.21 Å / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 7.538 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.796 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→43.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
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