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- PDB-1fcn: Crystal Structure of the E. Coli AMPC Beta-Lactamase Mutant Q120L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fcn
タイトルCrystal Structure of the E. Coli AMPC Beta-Lactamase Mutant Q120L/Y150E Covalently Acylated with the Substrate Beta-Lactam LORACARBEF
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase beta-lactam complex / enzyme inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LORACABEF (Open form) / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Patera, A. / Blaszczak, L.C. / Shoichet, B.K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structures of Substrate and Inhibitor Complexes with AmpC -Lactamase: Possible Implications for Substrate-Assisted Catalysis
著者: Patera, A. / Blaszczak, L.C. / Shoichet, B.K.
履歴
登録2000年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7814
ポリマ－79,0782
非ポリマー7042
水2,270126
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8912
ポリマ－39,5391
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8912
ポリマ－39,5391
非ポリマー3521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.360, 76.264, 98.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.00, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / E.C.3.5.2.6 / CEPHALOSPORINASE / AMPC BETA-LACTAMASE


分子量: 39538.891 Da / 分子数: 2 / 変異: Q120L/Y150E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: INHIBITOR LORACARBEF, RESIDUE LOR, BINDS TO SER 61 BY BREAKING ITS C1-N1 LACTAM BOND
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-LOR / LORACABEF (Open form) / (3S,6R)-6-[(1S)-1-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}-2-oxoethyl]-3-chloro-3,4,5,6-tetrahydropyridine-2-carboxylic acid


分子量: 351.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18ClN3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 1.7 M potassium phosphate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Mpotassium phosphate1reservoir
20.1 mMprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 129 K
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 33137 / Num. obs: 33137 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.9
反射
*PLUS
% possible obs: 95 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.9 % / Rmerge(I) obs: 0.227

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.35→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 3033 10 %
Rwork0.208 --
obs-30371 95.1 %
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.266 Å20 Å2-6.847 Å2
2--2.677 Å20 Å2
3----1.411 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5541 0 48 126 5715
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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