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- PDB-1yju: Solution structure of the apo form of the sixth soluble domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yju
タイトルSolution structure of the apo form of the sixth soluble domain of Menkes protein
要素Copper-transporting ATPase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / metallochaperone / protein-protein interaction (タンパク質間相互作用) / copper(I) / metal homeostasis (生物無機化学) / Structural Proteomics in Europe (構造ゲノミクス) / SPINE / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine modification / epinephrine metabolic process / elastin biosynthetic process / positive regulation of response to wounding / tryptophan metabolic process / cellular response to cobalt ion / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / positive regulation of tyrosinase activity / copper-dependent protein binding / cerebellar Purkinje cell differentiation ...peptidyl-lysine modification / epinephrine metabolic process / elastin biosynthetic process / positive regulation of response to wounding / tryptophan metabolic process / cellular response to cobalt ion / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / positive regulation of tyrosinase activity / copper-dependent protein binding / cerebellar Purkinje cell differentiation / elastic fiber assembly / response to iron(III) ion / P-type divalent copper transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion export / copper ion import / copper ion transmembrane transporter activity / positive regulation of melanin biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / cellular response to lead ion / pyramidal neuron development / copper ion homeostasis / copper ion transport / melanosome membrane / serotonin metabolic process / catecholamine metabolic process / detoxification of copper ion / trans-Golgi network transport vesicle / regulation of oxidative phosphorylation / norepinephrine metabolic process / T-helper cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / collagen fibril organization / cartilage development / response to manganese ion / negative regulation of iron ion transmembrane transport / 顔料 / skin development / cellular response to antibiotic / hair follicle morphogenesis / dopamine metabolic process / lung alveolus development / response to zinc ion / positive regulation of catalytic activity / central nervous system neuron development / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Detoxification of Reactive Oxygen Species / blood vessel development / cuprous ion binding / cell leading edge / 微絨毛 / Ion transport by P-type ATPases / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of cell size / blood vessel remodeling / positive regulation of lamellipodium assembly / cellular response to copper ion / cellular response to cadmium ion / 授乳 / removal of superoxide radicals / mitochondrion organization / extracellular matrix organization / neuron projection morphogenesis / trans-Golgi network membrane / locomotory behavior / liver development / 分泌 / female pregnancy / positive regulation of epithelial cell proliferation / brush border membrane / cellular response to amino acid stimulus / ゴルジ体 / cellular response to iron ion / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / late endosome / cellular response to hypoxia / protein-folding chaperone binding / perikaryon / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / in utero embryonic development / postsynaptic density / neuron projection / copper ion binding / apical plasma membrane / 神経繊維 / 樹状突起 / neuronal cell body / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Migliardi, M. / Rosato, A. / Wang, S. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: An atomic-level investigation of the disease-causing A629P mutant of the Menkes protein, ATP7A
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Migliardi, M. / Rosato, A. / Wang, S.
履歴
登録2005年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1921
ポリマ－8,1921
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 300target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein


分子量: 8191.593 Da / 分子数: 1 / 断片: Sixth soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7A / プラスミド: pET20b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q04656, Cu2+-exporting ATPase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
222CBCANH; CBCA(CO)NH; HNCO; HN(CA)CO
3332D NOESY
3432D TOCSY
151HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM 15N labeled sample; 5mM DTT; 100mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
20.8mM 15N 13C labeled sample; 5mM DTT; 100mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
31.0mM unlabeled sample; 5mM DTT; 100mM phosphate buffer90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM phosphate buffer / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRcollection
CARA1.2Keller, Rochus (2004): the computer aided resonance tutorial ISBN 3-85600-112-3, first editionデータ解析
DYANA1.5構造決定
Amber5精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures were based on a total of 1992 meaningful distance constraints, 81 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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