PDB-1yjr: Solution structure of the apo form of the sixth soluble domain A6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yjr

タイトル

Solution structure of the apo form of the sixth soluble domain A69P mutant of Menkes protein

要素

Copper-transporting ATPase 1

キーワード

HYDROLASE / metallochaperone / protein-protein interaction / copper(I) / metal homeostasis / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of catecholamine metabolic process / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / P-type divalent copper transporter activity ...negative regulation of catecholamine metabolic process / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / P-type divalent copper transporter activity / copper ion import / glycoprotein biosynthetic process / copper ion transmembrane transporter activity / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion export / positive regulation of melanin biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / regulation of oxidative phosphorylation / catecholamine metabolic process / copper ion transport / trans-Golgi network transport vesicle / melanosome membrane / detoxification of copper ion / serotonin metabolic process / pyramidal neuron development / norepinephrine metabolic process / T-helper cell differentiation / cartilage development / collagen fibril organization / hair follicle morphogenesis / lung alveolus development / skin development / dendrite morphogenesis / pigmentation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / blood vessel development / central nervous system neuron development / dopamine metabolic process / cuprous ion binding / Ion transport by P-type ATPases / neuron projection morphogenesis / blood vessel remodeling / intracellular copper ion homeostasis / ATP metabolic process / extracellular matrix organization / removal of superoxide radicals / release of cytochrome c from mitochondria / trans-Golgi network membrane / mitochondrion organization / locomotory behavior / establishment of localization in cell / trans-Golgi network / neuron cellular homeostasis / phagocytic vesicle membrane / late endosome / regulation of gene expression / neuron apoptotic process / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / postsynaptic density / copper ion binding / axon / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization

データ登録者

Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Migliardi, M. / Rosato, A. / Wang, S. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: An atomic-level investigation of the disease-causing A629P mutant of the Menkes protein, ATP7A
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Migliardi, M. / Rosato, A. / Wang, S.

履歴

登録	2005年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yjr.cif.gz	754.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yjr.ent.gz	643.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yjr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yjr_validation.pdf.gz	355.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yjr_full_validation.pdf.gz	498.9 KB	表示
XML形式データ	1yjr_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	1yjr_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yjr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yjtC 1yjuC 1yjvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cjk-2 1fes-d 6sdf-1 2mi8-d 5j6x-1 1yjt-d 1ubq-d 2kfd-d 2kox-d 1g2y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: CIRMMP29

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (9) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (8) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (9)
#51 - 2004年3月
カルシウムポンプ (Calcium Pump)
類似性 (8)
#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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類似性 (1)
#57 - 2004年9月
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類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-transporting ATPase 1

8.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 300	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein 分子量: 8217.630 Da / 分子数: 1 / 断片: Sixth soluble domain / 変異: A69P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7A / プラスミド: pET20b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q04656, Cu2+-exporting ATPase

#1: タンパク質

Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein

分子量: 8217.630 Da / 分子数: 1 / 断片: Sixth soluble domain / 変異: A69P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7A / プラスミド: pET20b+ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q04656, Cu2+-exporting ATPase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
2	2	2	CBCANH,CBCA(CO)NH,HNCO.HN(CA)CO
3	3	3	2D NOESY
3	4	3	2D TOCSY
1	5	1	HNHA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.8mM 15N labeled sample; 5mM DTT; 100mM phosphate buffer	90% H2O/10% D2O
2	0.8mM 15N 13C labeled sample; 5mM DTT; 100mM phosphate buffer	90% H2O/10% D2O
3	1.0mM unlabeled sample; 5mM DTT; 100mM phosphate buffer	90% H2O/10% D2O

試料状態

イオン強度: 100 mM phosphate buffer / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR			collection
CARA	1.2	Keller, Rochus (2004): the computer aided resonance tutorial ISBN 3-85600-112-3, first edition	データ解析
DYANA	1.5		構造決定
Amber	5		精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures were based on a total of 1947 meaningful distance constraints, 81 dihedral angle restraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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