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- PDB-3cjk: Crystal structure of the adduct HAH1-Cd(II)-MNK1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cjk
タイトルCrystal structure of the adduct HAH1-Cd(II)-MNK1.
要素
  • Copper transport protein ATOX1
  • Copper-transporting ATPase 1
キーワードMETAL TRANSPORT/HYDROLASE / HAH1 / ATP7A / ATP7B / Menkes disease / metal homeostasis / Chaperone / Copper / Copper transport / Ion transport / Metal-binding / Transport / Alternative splicing / ATP-binding / Cytoplasm / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Golgi apparatus / Hydrolase / Magnesium / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / METAL TRANSPORT-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / metallochaperone activity / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process ...: / metallochaperone activity / epinephrine metabolic process / L-tryptophan metabolic process / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / elastic fiber assembly / tyrosine metabolic process / norepinephrine biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / P-type divalent copper transporter activity / copper ion transmembrane transporter activity / glycoprotein biosynthetic process / copper ion import / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion export / positive regulation of melanin biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / regulation of oxidative phosphorylation / catecholamine metabolic process / copper ion transport / trans-Golgi network transport vesicle / melanosome membrane / detoxification of copper ion / pyramidal neuron development / norepinephrine metabolic process / T-helper cell differentiation / serotonin metabolic process / cartilage development / collagen fibril organization / hair follicle morphogenesis / lung alveolus development / skin development / dendrite morphogenesis / pigmentation / blood vessel development / Detoxification of Reactive Oxygen Species / central nervous system neuron development / dopamine metabolic process / cuprous ion binding / Ion transport by P-type ATPases / intracellular copper ion homeostasis / blood vessel remodeling / ATP metabolic process / neuron projection morphogenesis / extracellular matrix organization / removal of superoxide radicals / release of cytochrome c from mitochondria / trans-Golgi network membrane / mitochondrion organization / locomotory behavior / establishment of localization in cell / trans-Golgi network / neuron cellular homeostasis / phagocytic vesicle membrane / late endosome / ATPase binding / regulation of gene expression / response to oxidative stress / neuron apoptotic process / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / postsynaptic density / copper ion binding / axon / neuronal cell body / dendrite / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 ...: / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Copper transport protein ATOX1 / Copper-transporting ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Calderone, V. / Felli, I. / Della-Malva, N. / Pavelkova, A. / Rosato, A.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Copper(I)-mediated protein-protein interactions result from suboptimal interaction surfaces.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Calderone, V. / Della-Malva, N. / Felli, I.C. / Neri, S. / Pavelkova, A. / Rosato, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A NMR study of the interaction of a three-domain construct of ATP7A with copper(I) and copper(I)-HAH1: the interplay of domains.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Chasapis, C. / Hadjiliadis, N. / Rosato, A.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for copper transfer by the metallochaperone for the Menkes/Wilson disease proteins.
著者: Wernimont, A.K. / Huffman, D.L. / Lamb, A.L. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2008年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper transport protein ATOX1
B: Copper-transporting ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8243
ポリマ－15,7122
非ポリマー1121
水1,36976
1
A: Copper transport protein ATOX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3951
ポリマ－7,3951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Copper-transporting ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4302
ポリマ－8,3171
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.707, 55.274, 63.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Copper transport protein ATOX1 / Metal transport protein ATX1


分子量: 7394.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATOX1, HAH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00244
#2: タンパク質 Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein


分子量: 8317.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7A, MC1, MNK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04656, Cu2+-exporting ATPase
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.1 M sodium citrate, 20% PEG-6000, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97245 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月2日 / 詳細: Silicon toroidal mirror coated with Rhodium
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97245 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→26.3 Å / Num. all: 16071 / Num. obs: 16071 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2307 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FE0

1fe0


解像度: 1.8→26.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 3.404 / SU ML: 0.103
Isotropic thermal model: Isotropic except Cd2+ which was refined anisotropically
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28253 1454 9 %RANDOM
Rwork0.22569 ---
all0.23075 14615 --
obs0.23075 14615 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 1 76 1170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0221107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1761.9631493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.265141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.91626.51243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.97915211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.293152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3931.5706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43621147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.613401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7294.5346
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.53331
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 122 -
Rwork0.271 1049 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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