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- PDB-2mrp: NMR solution structure of the Ubiquitin like domain (UBL) of DNA-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mrp
タイトルNMR solution structure of the Ubiquitin like domain (UBL) of DNA-damage-inducible 1 protein (Ddi1)
要素DNA damage-inducible protein 1
キーワードUBIQUITIN-BINDING PROTEIN / DNA-damage-inducible 1 protein / Ddi1 / Ubiquitin like domain / UBL / Ubiquitin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein secretion / polyubiquitin modification-dependent protein binding / vesicle-mediated transport / SNARE binding / ubiquitin binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / protein secretion / polyubiquitin modification-dependent protein binding / vesicle-mediated transport / SNARE binding / ubiquitin binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / aspartic-type endopeptidase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA damage inducible protein 1 ubiquitin-like domain / Aspartic peptidase, DDI1-type / Aspartyl protease / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic ...DNA damage inducible protein 1 ubiquitin-like domain / Aspartic peptidase, DDI1-type / Aspartyl protease / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Ubiquitin-like (UB roll) / Aspartic peptidase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-inducible protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Nowicka, U. / Fushman, D. / Chen, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: DNA-Damage-Inducible 1 Protein (Ddi1) Contains an Uncharacteristic Ubiquitin-like Domain that Binds Ubiquitin.
著者: Nowicka, U. / Zhang, D. / Walker, O. / Krutauz, D. / Castaneda, C.A. / Chaturvedi, A. / Chen, T.Y. / Reis, N. / Glickman, M.H. / Fushman, D.
履歴
登録2014年7月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-inducible protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5901
ポリマ－10,5901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA damage-inducible protein 1 / v-SNARE-master 1


分子量: 10589.902 Da / 分子数: 1
断片: Ubiquitin like domain of DNA-damage-inducible 1 protein (Ddi1UBL)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DDI1, VSM1, YER143W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P40087

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1413D H(CCO)NH
1513D 1H-13C NOESY
1623D HNCO
1723D HN(CA)CO
1823D HN(CO)CA
1923D HNCA
11023D CBCA(CO)NH
11123D HN(CA)CB
11223D C(CO)NH
1133RDC
2143RDC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] Ddi1UBL, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95 % H2O, 20 mM sodium phosphate, 3 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ddi1UBL, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95 % H2O, 20 mM sodium phosphate, 3 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM [U-100% 15N] Ddi1UBL, 5 % [U-99% 2H] D2O, 45 % H2O, 10 mM sodium phosphate, 3 mM TCEP, 5 % C12E5, 45 % n-hexanol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMDdi1UBL-1[U-100% 15N]1
5 %D2O-2[U-99% 2H]1
95 %H2O-31
20 mMsodium phosphate-41
3 mMTCEP-51
1 mMDdi1UBL-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 %D2O-7[U-99% 2H]2
95 %H2O-82
20 mMsodium phosphate-92
3 mMTCEP-102
1 mMDdi1UBL-11[U-100% 15N]3
5 %D2O-12[U-99% 2H]3
45 %H2O-133
10 mMsodium phosphate-143
3 mMTCEP-153
5 %C12E5-163
45 %n-hexanol-173
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1106.8ambient atm295.5 K
2106.8ambient atm315 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.1Keller and Wuthrichpeak picking
CARA1.8.1Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TopSpin2.1Bruker Biospinデータ解析
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
TALOSTALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxbackbone torsion angles prediction
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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