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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mrp | ||||||
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タイトル | NMR solution structure of the Ubiquitin like domain (UBL) of DNA-damage-inducible 1 protein (Ddi1) | ||||||
要素 | DNA damage-inducible protein 1 | ||||||
キーワード | UBIQUITIN-BINDING PROTEIN / DNA-damage-inducible 1 protein / Ddi1 / Ubiquitin like domain / UBL / Ubiquitin binding (ユビキチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein secretion / vesicle-mediated transport / SNARE binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / protein-macromolecule adaptor activity ...proteasome regulatory particle binding / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein secretion / vesicle-mediated transport / SNARE binding / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Nowicka, U. / Fushman, D. / Chen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: DNA-Damage-Inducible 1 Protein (Ddi1) Contains an Uncharacteristic Ubiquitin-like Domain that Binds Ubiquitin. 著者: Nowicka, U. / Zhang, D. / Walker, O. / Krutauz, D. / Castaneda, C.A. / Chaturvedi, A. / Chen, T.Y. / Reis, N. / Glickman, M.H. / Fushman, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mrp.cif.gz | 248 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mrp.ent.gz | 202.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mrp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/2mrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/2mrp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10589.902 Da / 分子数: 1 断片: Ubiquitin like domain of DNA-damage-inducible 1 protein (Ddi1UBL) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DDI1, VSM1, YER143W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P40087 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |