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万見
- PDB-1yff: STRUCTURE OF HUMAN CARBONMONOXYHEMOGLOBIN C (BETA E6K): TWO QUATE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yff
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN CARBONMONOXYHEMOGLOBIN C (BETA E6K): TWO QUATERNARY STATES (R2 and R3) IN ONE CRYSTAL
要素
  • Hemoglobin alpha chain
  • Hemoglobin beta chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / CARBONMONOXY / LIGANDED / MUTANT HUMAN HEMOGLOBIN C(BETAE6K) / R2 STATE / R3 STATE / QUATERNARY CONFORMATION / HBC / COHBC / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
一酸化炭素 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / リン酸塩 / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Hirsch, R.E. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanism of Quaternary Transitions in Human Liganded Hemoglobin
著者: Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Hirsch, R.E. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMELECULE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER COMPOSED OF TWO ALPHA-BETA HETERODIMERS. HOWEVER, THE ...BIOMELECULE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER COMPOSED OF TWO ALPHA-BETA HETERODIMERS. HOWEVER, THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO FULL HEMOGLOBIN TETRAMERS AND THEY REPRESENTS TWO DIFFERENT QUATERNARY STATES. ONE TETRAMER (CHAINS A,B,C,D) REPRESENTS THE NOVEL (R3) QUATERNARY STATE, ANOTHER TETRAMER (CHAINS E,F,G,H) IS IDENTICAL TO THE R2 QUATERNARY STATE (PDB ENTRY 1M9P). THE R3 QUATERNARY STATE IS IN PART STABILIZED BY PHOSPHATE ANION BOUND WITHIN THE CENTRAL CAVITY
Remark 999SEQUENCE THE PROTEIN WAS NOT GENETICALLY MANIPULATED, BUT THE RESIDUE E6K OF CHAINS B,D,F AND H ARE ...SEQUENCE THE PROTEIN WAS NOT GENETICALLY MANIPULATED, BUT THE RESIDUE E6K OF CHAINS B,D,F AND H ARE ALLELIC VARIANTS OF HUMAN HEMOGLOBIN A.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha chain
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin alpha chain
D: Hemoglobin beta chain
E: Hemoglobin alpha chain
F: Hemoglobin beta chain
G: Hemoglobin alpha chain
H: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,41325
ポリマ－124,1628
非ポリマー5,25117
水9,026501
1
A: Hemoglobin alpha chain
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin alpha chain
D: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,75413
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,6739
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12630 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin alpha chain
F: Hemoglobin beta chain
G: Hemoglobin alpha chain
H: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,65912
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.320, 80.320, 179.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER COMPOSED OF TWO ALPHA-BETA HETERODIMERS. HOWEVER, THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO FULL HEMOGLOBIN TETRAMERS AND THEY REPRESENTS TWO DIFFERENT QUATERNARY STATES. ONE TETRAMER (CHAINS A,B,C,D) REPRESENTS THE NOVEL (R3) QUATERNARY STATE, ANOTHER TETRAMER (CHAINS E,F,G,H) IS IDENTICAL TO THE R2 QUATERNARY STATE (PDB ENTRY 1M9P). THE R3 QUATERNARY STATE IS IN PART STABILIZED BY PHOSPHATE ANION BOUND WITHIN THE CENTRAL CAVITY

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.265 Da / 分子数: 4 / Mutation: E6K / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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非ポリマー , 4種, 518分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル / 一酸化炭素


分子量: 28.010 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, SODIUM PHOSPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 43129 / Num. obs: 43129 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6383 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP(CCP4)位相決定
CNS1精密化
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M9P

1m9p


解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff high rms absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1260 3 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.24 43129 --
obs0.228 41813 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.272131 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.55 Å20 Å20 Å2
2--2.55 Å20 Å2
3----5.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8768 0 365 501 9634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.212.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.023
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.624
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 96 3 %
Rwork0.304 3141 -
obs-3141 73.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEM.PARAMHEM.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CO.PARAMCO.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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