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万見
- PDB-5ucu: STRUCTURAL AND MECHANISTIC INSIGHTS INTO HEMOGLOBIN-CATALYZED HYD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ucu
タイトルSTRUCTURAL AND MECHANISTIC INSIGHTS INTO HEMOGLOBIN-CATALYZED HYDROGEN SULFIDE OXIDATION AND THE FATE OF POLYSULFIDE PRODUCTS
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Mechanism of hemoglobin catalyzed H2S oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROSULFURIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.797 Å
データ登録者Vitvitsky, V. / Yadav, P.K. / An, S. / Seravalli, J. / Cho, U.-S. / Banerjee, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM112455 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK111465 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into Hemoglobin-catalyzed Hydrogen Sulfide Oxidation and the Fate of Polysulfide Products.
著者: Vitvitsky, V. / Yadav, P.K. / An, S. / Seravalli, J. / Cho, U.S. / Banerjee, R.
履歴
登録2016年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.32019年11月27日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3767
ポリマ－31,0412
非ポリマー1,3355
水3,045169
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,75214
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,67010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area11940 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.766, 53.766, 193.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-392-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細Hydrogen Sulfide H2S A203 forms hydrogen bond with carboxyl groups of the polypeptide

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 10% Toluene, 2.3 M K2HPO4/NH2PO4 pH, 7.2.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: under liquid N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.797→50 Å / Num. obs: 27405 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 28.97
反射 シェル解像度: 1.797→1.86 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / CC1/2: 0.558 / Rrim(I) all: 0.654

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D7O

3d7o


解像度: 1.797→37.303 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2222 2000 7.3 %10%
Rwork0.1857 ---
obs0.1883 27405 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.797→37.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 89 169 2436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6883292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3911832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7972-1.84220.32831370.27131731X-RAY DIFFRACTION98
1.8422-1.8920.30551390.2441779X-RAY DIFFRACTION100
1.892-1.94770.26171410.20791778X-RAY DIFFRACTION100
1.9477-2.01050.21221390.19631778X-RAY DIFFRACTION100
2.0105-2.08240.2081410.18731781X-RAY DIFFRACTION100
2.0824-2.16570.18691410.18921795X-RAY DIFFRACTION100
2.1657-2.26430.23171400.18221789X-RAY DIFFRACTION100
2.2643-2.38370.22791420.18431806X-RAY DIFFRACTION100
2.3837-2.5330.2481420.18761801X-RAY DIFFRACTION100
2.533-2.72850.21591440.19671821X-RAY DIFFRACTION100
2.7285-3.0030.25121440.19551830X-RAY DIFFRACTION100
3.003-3.43720.22871450.18921841X-RAY DIFFRACTION100
3.4372-4.32950.21051480.15931879X-RAY DIFFRACTION100
4.3295-37.31130.20351570.18571996X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9053-0.2139-0.20832.0461-0.19460.89120.09550.54990.063-0.2569-0.0644-0.3268-0.06350.20080.01390.22530.03740.03210.445-0.03930.2323-13.920231.2329-18.9182
22.41850.64530.8162.0988-0.76742.13180.05410.57990.4991-0.24850.03160.3186-0.086-0.044-0.1110.23430.05140.02580.37620.03730.2851-26.477436.8917-20.7698
36.3834-2.2435-2.46352.84440.16984.98280.3797-0.8230.68380.6301-0.0482-0.6143-0.22160.3377-0.17710.3122-0.0807-0.03910.4017-0.0790.3988-9.569844.8447-9.9396
46.22244.5778-1.87338.2332-1.86933.94190.3801-0.03751.03470.9810.06320.3916-1.4572-0.6382-0.44780.44470.08290.08490.2760.02130.4001-25.971545.5975-9.195
52.6510.94480.25312.2184-1.17551.33960.13680.1978-0.03040.1088-0.1561-0.12150.01380.1468-0.0150.1845-0.0065-0.00290.3003-0.03250.1845-16.474530.5603-11.8355
64.4452-2.1231.60854.0372-0.95453.44860.42480.4018-0.7117-0.6388-0.02180.23330.67040.0071-0.2770.4958-0.0628-0.06720.3956-0.17780.4435-27.37549.4703-19.0134
71.4105-0.4311-0.6382.29060.01852.8887-0.1005-0.0299-0.47460.33040.018-0.31190.73820.43280.03890.40940.1371-0.03290.2943-0.05210.3572-12.631711.6173-4.3584
83.33181.61830.19114.02610.91393.41560.1059-0.2654-0.47351.0306-0.18340.88060.9591-0.521-0.10590.6962-0.02590.04560.2913-0.02460.5522-28.05848.88822.4945
91.86450.20630.56662.9027-0.27981.69310.05820.2319-0.30510.097-0.03540.13130.1755-0.1261-0.03680.23980.0019-0.02590.2545-0.0940.3122-24.588216.8482-10.6832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 71 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 72 through 80 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 94 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 95 through 140 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 22 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 77 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 78 through 99 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 100 through 146 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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