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Yorodumi- PDB-5x2s: Direct Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x2s | ||||||
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Title | Direct Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglobin: Crystal Structure of Half-Liganded Hemoglobin after Adding 4 mM bezafibrate pH 6.5. | ||||||
Components | (Hemoglobin subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Hemoglobin / Allostery / Allosteric proteins / Oxygen binding / Bezafibrate | ||||||
Function / homology | Function and homology information nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of blood pressure / oxygen binding / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.39 Å | ||||||
Authors | Ohki, M. / Park, S.-Y. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017 Title: Direct observation of conformational population shifts in crystalline human hemoglobin. Authors: Shibayama, N. / Ohki, M. / Tame, J.R.H. / Park, S.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x2s.cif.gz | 681.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x2s.ent.gz | 572.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5x2s_validation.pdf.gz | 4.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5x2s_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | Display | |
Data in XML | 5x2s_validation.xml.gz | 66.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5x2s_validation.cif.gz | 84.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x2s | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Hemoglobin subunit ... , 2 types, 12 molecules ACEGIKBDFHJL
#1: Protein | Mass: 15150.353 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P69905 #2: Protein | Mass: 15890.198 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P68871 |
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-Non-polymers , 4 types, 49 molecules
#3: Chemical | ChemComp-HNI / #4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Chemical | ChemComp-PEM / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 7.7 / Details: 17%(w/v) PEG 3350, pH 7.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.39→50 Å / Num. obs: 65188 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 63.46 Å2 / Net I/σ(I): 12.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.39→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.663 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.58 / SU Rfree Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.316
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Displacement parameters | Biso mean: 78.95 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.39→34.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.39→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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