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- PDB-5x2s: Direct Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x2s
タイトルDirect Observation of Conformational Population Shifts in Hemoglobin: Crystal Structure of Half-Liganded Hemoglobin after Adding 4 mM bezafibrate pH 6.5.
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hemoglobin / Allostery / Allosteric proteins / Oxygen binding / Bezafibrate
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / erythrocyte development / oxygen transport ...cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / erythrocyte development / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / response to hydrogen peroxide / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Late endosomal microautophagy / platelet aggregation / regulation of blood pressure / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Chaperone Mediated Autophagy / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II) / Chem-PEM / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Ohki, M. / Park, S.-Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Direct observation of conformational population shifts in crystalline human hemoglobin.
著者: Shibayama, N. / Ohki, M. / Tame, J.R.H. / Park, S.Y.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32026年8月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order
解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,02025
ポリマ－186,24312
非ポリマー7,77713
水64936
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5538
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,4724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9159
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,8335
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)228.603, 54.598, 138.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 4種, 49分子

#3: 化合物
ChemComp-HNI / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING NI(II)


分子量: 619.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4NiO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-PEM / 2-[P-[2-P-CHLOROBENZAMIDO)ETHYL]PHENOXY]-2-METHYLPROPIONIC ACID


分子量: 361.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H20ClNO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.7 / 詳細: 17%(w/v) PEG 3350, pH 7.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 65188 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 63.46 Å2 / Net I/σ(I): 12.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.39→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.663 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.58 / SU Rfree Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.316
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 3220 4.94 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.247 65168 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 78.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.0753 Å20 Å2-5.6149 Å2
2---4.4758 Å20 Å2
3----9.5995 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.39→34.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13032 0 541 36 13609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113999HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0919203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4374SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2169HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13999HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1680SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15975SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 214 4.97 %
Rwork0.284 4095 -
all0.287 4309 -
obs--88.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4831-0.0966-2.1550.2108-0.36912.6619-0.03190.11990.1098-0.04850.0351-0.1353-0.00730.0459-0.0032-0.1356-0.01540.05770.28780.1517-0.083153.7370.199114.4067
24.68081.0699-0.59531.42430.6151.3951-0.0621-0.15320.1618-0.01690.03730.12250.1003-0.23950.0249-0.15580.0307-0.01580.26270.1588-0.146533.9037-2.968128.0502
30.6018-1.0398-0.61013.6021-1.47070.7849-0.0005-0.01760.0279-0.0975-0.00820.045-0.0871-0.0020.00870.0645-0.038-0.1444-0.01510.1472-0.010928.5410.757-0.1116
41.28252.04441.48943.02212.53461.8651-0.02190.0403-0.0654-0.00440.04340.16610.12720.1177-0.02150.11240.01160.04720.03350.0607-0.171630.2194-13.2607-2.6539
53.55091.2997-1.96920.8878-0.31831.9943-0.012-0.0975-0.04760.019-0.03120.13910.0047-0.08580.0431-0.11880.07160.12160.0840.16490.0627-5.2607-28.816153.4545
63.7854-0.8848-0.57181.71390.40261.0341-0.03490.09280.0369-0.00720.0806-0.0536-0.0380.1428-0.0457-0.1284-0.080.00250.22270.0995-0.082816.2323-25.364942.3998
71.6878-0.05550.40284.1738-0.18741.90670.01080.0353-0.0849-0.02750.0050.15160.08440.1436-0.0158-0.19920.0119-0.1517-0.1893-0.010.2605-1.4866-46.86327.3987
82.388-1.16691.20291.5926-0.24871.83580.09770.1474-0.0651-0.0503-0.0020.1635-0.1981-0.0001-0.0957-0.03760.0321-0.074-0.20410.06470.2459-9.2634-24.501422.0304
90.1982-1.20720.14773.6623-0.47650.92760.00730.09730.1688-0.1152-0.07740.042-0.0997-0.00810.0701-0.04950.00730.1026-0.1310.12080.209924.85794.781470.0043
104.8185-1.8036-0.17271.25790.0851.26120.0255-0.052-0.20680.0185-0.01640.0640.13970.158-0.00910.05960.02350.0809-0.15330.0401-0.01628.0281-16.916980.791
111.24790.4935-0.68461.58930.45562.3194-0.0513-0.26440.18180.05410.01760.1153-0.01490.07270.0337-0.13910.02160.05120.0842-0.13160.040514.01193.243399.8996
125.3031-1.63260.3750.3130.65690.8663-0.00570.1332-0.0074-0.0156-0.02410.07510.0029-0.09660.0298-0.2029-0.04810.06450.0225-0.11620.219-2.6066-2.638582.8626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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