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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n7o | ||||||
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タイトル | Capturing the haemoglobin allosteric transition in a single crystal form; Crystal structure of half-liganded human haemoglobin with phosphate at 2.5 A resolution. | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / hybrid haemoglobin / allosteric pathway | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sugiyama, K. / Shibayama, N. / Park, S.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Capturing the hemoglobin allosteric transition in a single crystal form 著者: Shibayama, N. / Sugiyama, K. / Tame, J.R. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 338.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 95.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-142 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-147 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HNI / #4: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 % / Mosaicity: 0.447 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 6.8 詳細: CO-saturated 1.0% XL[alpha(Fe-Co)beta(Ni)][alpha(Ni)beta(Fe-Co)], 17% PEG3350, 10mM Potassium phosphate pH6.8 , microbatch under paraffin oil, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4.8 % / 数: 274648 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.78 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 56987 / % possible obs: 98.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 56987 / Num. obs: 56987 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.433 / % possible all: 93.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 36.7192 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.41 Å2 / Biso mean: 61.7563 Å2 / Biso min: 20.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.502→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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