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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yex | ||||||
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タイトル | Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in AhpC, a bacterial peroxiredoxin. | ||||||
要素 | Alkyl hydroperoxide reductase subunit C | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / AHPC / Peroxiredoxin (ペルオキシレドキシン) / peroxidase (ペルオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Parsonage, D. / Youngblood, D.S. / Sarma, G.N. / Wood, Z.A. / Karplus, P.A. / Poole, L.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin. 著者: Parsonage, D. / Youngblood, D.S. / Sarma, G.N. / Wood, Z.A. / Karplus, P.A. / Poole, L.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yex.cif.gz | 176.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yex.ent.gz | 147.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/1yex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/1yex | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20655.172 Da / 分子数: 5 / 変異: T77D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: ahpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, ペルオキシレドキシン #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: ammonium sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 63119 / Num. obs: 63119 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→100 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Waters have been sorted by chain contact and electron density. The water number thousandth place indicates the protein chain it is in contact with (A=1, B=2, etc.) and within each series an ...詳細: Waters have been sorted by chain contact and electron density. The water number thousandth place indicates the protein chain it is in contact with (A=1, B=2, etc.) and within each series an increase in number corresponds to a decrease in average peak density of equivalent waters from different chains. For instance, water 2005 is in contact with chain B and is equivalent to waters 1005, 3005, 4005, and 5005 (chains A, C, D, and E respectively). The relatively low number, 5, indicates that these waters have a rather high density.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
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拘束条件 |
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