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万見
- PDB-4o5r: Crystal structure of Alkylhydroperoxide Reductase subunit C from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5r
タイトルCrystal structure of Alkylhydroperoxide Reductase subunit C from E. coli
要素AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydrogen peroxide
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C / Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Dip, P.V. / Kamariah, N. / Manimekalai, M.S.S. / Gruber, G. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
著者: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Subramanian Manimekalai, M.S. / Nartey, W. / Balakrishna, A.M. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Peroxiredoxin Evolution and the Regulation of Hydrogen Peroxide Signaling
著者: Wood, Z.A. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
B: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
C: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
D: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
E: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9325
ポリマ－103,9325
非ポリマー00
水00
1
A: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
B: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
C: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
D: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
E: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase

A: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
B: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
C: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
D: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase
E: AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,86410
ポリマ－207,86410
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area19220 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area68830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.349, 137.349, 147.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 160 / Label seq-ID: 5 - 160

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
詳細decamer generated by symmetry operation from the assymetric unit

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要素

#1: タンパク質
AhpC component, subunit of alkylhydroperoxide reductase / Alkyl hydroperoxide reductase / C22 subunit / Peroxiredoxin


分子量: 20786.412 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: ahpC, B21_00563, ECBD_3047, ECD_00574 / プラスミド: pET9-d1(+)-His6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: C6EK89, UniProt: A0A140NC97*PLUS, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体, peroxiredoxin
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8M ammonium sulfate, 100mM MES, pH 6.5, 5% dioxane , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→147.45 Å / Num. obs: 23735 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.33→3.51 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EMP

3emp


解像度: 3.33→29.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / SU B: 52.831 / SU ML: 0.354 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.519 / ESU R Free: 0.481 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1165 5.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 21621 94.9 %-
all-22790 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0.65 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.33→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6555 0 0 0 6555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0196710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6961.9379092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6253.00114363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0775827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72524.615325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.865151109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6321530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2402 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: medium positional / Weight position: 0.5

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A0.46
2B0.45
3C0.51
4D0.58
5E0.57
LS精密化 シェル解像度: 3.33→3.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 82 -
Rwork0.34 1424 -
obs--86.75 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -58.6958 Å / Origin y: -6.3236 Å / Origin z: 21.5913 Å
111213212223313233
T0.2768 Å20.0946 Å20.0671 Å2-0.0961 Å20.0349 Å2--0.0797 Å2
L0.7475 °2-0.1002 °2-0.0208 °2-0.2801 °20.2485 °2--0.3563 °2
S0.1284 Å °0.1824 Å °-0.0154 Å °-0.1122 Å °0.0112 Å °-0.0684 Å °-0.0635 Å °-0.0138 Å °-0.1396 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 166
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 167
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 167
5X-RAY DIFFRACTION1E1 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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