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- PDB-4ql9: Crystal structure of C-terminus truncated Alkylhydroperoxide Redu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ql9 | ||||||
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Title | Crystal structure of C-terminus truncated Alkylhydroperoxide Reductase subunit C (AhpC1-182) from E. coli | ||||||
![]() | Alkylhydroperoxide Reductase subunit C | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / AhpC | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to stress / NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nartey, W. / Kamariah, N. / Gruber, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Key roles of the Escherichia coli AhpC C-terminus in assembly and catalysis of alkylhydroperoxide reductase, an enzyme essential for the alleviation of oxidative stress. Authors: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Nartey, W. / Beushausen, C. / Kostyuchenko, V.A. / Ng, T.S. / Lok, S.M. / Saw, W.G. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G. #1: ![]() Title: The ups and downs in AhpF: Structure, mechanism and ensemble formation of the Alkylhydroperoxide Reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli Authors: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Manimekalai, M.S.S. / Nartey, W. / Balakrishna, A.M. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 332.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 275.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ql7C ![]() 4o5rS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 160 / Label seq-ID: 1 - 160
|
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Components
#1: Protein | Mass: 20274.730 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: C-terminus truncated form, UNP residues 1-182 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.82 % / Mosaicity: 0.403 ° |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 2M ammonium sulfate, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 31, 2013 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.4→30 Å / Num. all: 22425 / Num. obs: 22425 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.794 / Net I/σ(I): 8.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4O5R Resolution: 3.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 49.219 / SU ML: 0.338 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.463 / ESU R Free: 0.452 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.58 Å2 / Biso mean: 55.202 Å2 / Biso min: 28.85 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1265 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: MEDIUM POSITIONAL / Weight position: 0.5
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LS refinement shell | Resolution: 3.4→3.487 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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