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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xrd | ||||||
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Title | Salmonella typhimurium AhpC W169F mutant | ||||||
![]() | Alkyl hydroperoxide reductase subunit C | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / FF / PrxI / conformation | ||||||
Function / homology | ![]() NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / cellular response to stress / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Perkins, A. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis. Authors: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 363.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 299.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 481.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 491.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 49.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xraC ![]() 4xs1C ![]() 4xs4C ![]() 4xs6C ![]() 4xtsC ![]() 5ukaC ![]() 4ma9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20602.152 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: W169F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.55 Å3/Da / Density % sol: 65.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 1.4 M MgSO4, 0.1 M MES, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: FUJI / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 1, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→24.9 Å / Num. obs: 62493 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.7 % / Net I/σ(I): 6.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 98.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4MA9 Resolution: 2.3→24.705 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / Phase error: 28.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→24.705 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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