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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xra | ||||||
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Title | Salmonella typhimurium AhpC T43S mutant | ||||||
![]() | Alkyl hydroperoxide reductase subunit C | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / FF / PrxI / conformation | ||||||
Function / homology | ![]() NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / cellular response to stress / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Perkins, A. / Brereton, A.E. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis. Authors: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 475.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 468 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 475.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 61.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xrdC ![]() 4xs1C ![]() 4xs4C ![]() 4xs6C ![]() 4xtsC ![]() 5ukaC ![]() 4ma9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20627.162 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: T43S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.58 Å3/Da / Density % sol: 65.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.3 Details: 1.2 M ammonium sulfate, 24% glycerol, 0.1 M Tris pH 7.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→36.7 Å / Num. obs: 148354 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.2 % / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.84 Å / Redundancy: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 91.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4MA9 Resolution: 1.75→36.277 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / Phase error: 23.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→36.277 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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